结论：关于公司产品被别的部门拿走盘点数量少了罚款是否合理的问题，不能一概而论，需结合具体情况从多个角度进行分析。
一、从公司内部管理规定角度分析
公司规章制度：
- 首先，需要查看公司的内部规章制度，特别是关于产品管理、盘点以及罚款的相关规定。如果公司有明确的规章制度，并且这些规定不违反法律法规，那么公司依据这些规定进行罚款可能是合理的。
- 关键点：规章制度是否合法、是否经过民主程序制定、是否已向员工公示或告知。
部门权限：
- 其次，需要确认拿走产品进行盘点的部门是否有相应的权限。如果该部门没有权限擅自拿走产品并进行盘点，那么其盘点结果可能不具备法律效力，公司依据此结果进行罚款可能不合理。
- 建议：公司应明确各部门的职责和权限，避免权限混淆导致的纠纷。
二、从法律角度分析
罚款的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，公司对员工进行罚款需要有一定的法律依据和程序。如果公司没有合法的依据或程序进行罚款，那么这种罚款可能是违法的。
- 关键点：罚款是否基于合法的规章制度、是否经过合法的程序（如通知、听证等）、罚款金额是否合理。
员工权益保护：
- 员工有权了解公司对其的处罚依据和程序，并有权进行申辩。如果公司未给予员工充分的申辩机会或未明确告知处罚依据，那么这种罚款可能侵犯了员工的合法权益。
- 建议：公司在对员工进行罚款前，应确保员工了解处罚依据和程序，并给予员工充分的申辩机会。
三、从实际操作角度分析
盘点过程的合理性：
- 盘点过程应公开、透明，并确保产品的完整性和准确性。如果盘点过程存在瑕疵或不当行为（如私自拿走产品、未按规定进行盘点等），那么盘点结果可能不可靠，公司依据此结果进行罚款可能不合理。
- 建议：公司应制定规范的盘点流程，并确保盘点过程的公开、透明和准确性。
沟通与协商：
- 在发现产品数量不符后，公司应与员工进行充分的沟通和协商，了解原因并寻求解决方案。如果公司直接进行罚款而未与员工沟通，可能引发员工的不满和纠纷。
- 建议：公司在处理此类问题时，应注重与员工的沟通和协商，寻求双方都能接受的解决方案。
总结与建议：
- 公司应首先查看内部规章制度，确认罚款的依据和程序是否合法。
- 公司应确保盘点过程的公开、透明和准确性，避免盘点结果的不可靠。
- 公司在对员工进行罚款前，应给予员工充分的申辩机会，并确保员工了解处罚依据和程序。
- 如果公司认为罚款是合理的，但员工对此有异议，双方可以通过协商、调解或仲裁等方式解决纠纷。
最后，如果您或您的公司在此类问题上遇到法律困扰，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。