结论前置：在工程款支付问题上，发包方不能单纯以施工方未开具增值税专用发票为由拒绝支付工程款，除非合同中有明确约定。正确的做法应综合考虑合同约定、法律义务及公平原则来处理。

详细分析：

1. 合同约定是关键：

   • 有明确约定：如果双方在建设工程施工合同中明确约定了施工方开具发票是发包方支付工程款的前提条件，比如“在施工方开具等额有效的增值税专用发票后X个工作日内，发包方支付相应工程款”，那么发包方可以依据合同约定，以施工方未开具发票为由拒绝支付工程款。因为这种约定不违反法律法规的强制性规定，双方都应当遵守。
   • 无明确约定：如果合同中没有明确将开具发票作为付款的前提条件，那么支付工程款就是发包方的主要合同义务，这个义务的履行并不直接取决于是否收到了发票。此时，发包方不能以未开发票为由拒付工程款。

2. 合同主义务与从义务的区别：

   • 在建设工程施工合同中，施工方的主要义务是完成工程建设，而发包方的主要义务是支付工程款。开具发票被视为施工方的附随义务，并非合同的主要义务。根据《民法典》的相关规定及法理，一方不能以对方未履行附随义务为由拒绝履行自己的主要义务。

3. 公平和诚实信用原则的考量：

   • 发包方支付工程款是对施工成果的对价，而施工方开具发票是履行税务法定义务。如果允许发包方以未开发票为由拒付工程款，可能会损害施工方的合法权益，违背公平和诚实信用原则。

4. 税收法规与发票管理的独立性：

   • 尽管开具增值税专用发票对税务合规和税款抵扣至关重要，但这属于税收管理范畴，并不直接影响合同款项的支付。如果施工方未按规定开具发票，发包方应向税务机关举报，但不能以此作为拒付工程款的合法理由。

法律建议：

• 明确合同约定：建议在合同中明确约定发票的提供时间和方式，以及违反该约定的法律责任。这样可以避免在后续履行过程中产生争议。
• 积极沟通协商：如果施工方确实未开具发票，发包方应积极与其沟通协商，要求施工方尽快开具发票。
• 通过法律途径解决：如果沟通协商无果，发包方可以通过法律途径追究施工方的违约责任，包括要求施工方赔偿因未开票导致的损失（如无法抵扣进项税额导致多缴纳的税款）。

综上所述，发包方在处理施工方未开具增值税专用发票的问题时，应综合考虑合同约定、法律义务及公平原则，避免单方面拒付工程款而引发不必要的法律风险。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。