结论：按档案年龄已退休但按身份证多工作了两年，这两年的工资是否需要退还，需根据具体情况来判断，一般情况下不需要退还，但若存在欺诈等违法行为则可能需要退还并承担法律责任。以下从不同角度进行分析：
一、正常情况下的工资支付
劳动合同与实际工作年限：
- 劳动合同是确定劳动者与用人单位权利义务关系的重要依据。如果劳动合同中明确约定了退休年龄，且该年龄与档案年龄一致，那么劳动者在达到该年龄时即应退休。
- 然而，在实际操作中，可能存在身份证年龄与档案年龄不一致的情况。如果用人单位按照身份证年龄允许劳动者继续工作，并支付了相应的工资，这通常被视为双方对劳动合同的一种实际履行和变更。
工资支付的合法性：
- 在劳动者实际提供劳动的情况下，用人单位支付工资是合法的。只要劳动者按照用人单位的要求完成了工作任务，用人单位就应当支付相应的劳动报酬。
- 因此，如果劳动者在按身份证年龄多工作的两年里，确实为用人单位提供了劳动，并完成了工作任务，那么用人单位支付的工资是合法的，劳动者无需退还。
二、存在欺诈等违法行为的情况
欺诈行为的认定：
- 如果劳动者在入职时故意隐瞒或提供虚假的年龄信息，导致用人单位基于错误的认识而与其签订了劳动合同，并支付了工资，这可能构成欺诈行为。
- 欺诈行为不仅违反了诚实信用原则，也可能损害用人单位的合法权益。
法律后果：
- 在存在欺诈行为的情况下，用人单位有权要求劳动者退还多支付的工资，并可能要求劳动者承担其他法律责任，如赔偿损失等。
- 同时，劳动者还可能面临行政处罚或刑事责任，具体取决于欺诈行为的严重程度和后果。
三、建议与注意事项
核实年龄信息：
- 用人单位在招聘劳动者时，应当仔细核实劳动者的年龄信息，确保与档案年龄一致。如果发现存在不一致的情况，应当及时与劳动者沟通并作出相应处理。
完善劳动合同：
- 劳动合同中应当明确约定退休年龄等关键条款，以避免因年龄问题而引发的纠纷。同时，双方也可以约定在年龄信息不一致时的处理方式。
及时咨询专业律师：
- 如果用人单位或劳动者对年龄问题存在疑虑或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
总结来说，按档案年龄已退休但按身份证多工作了两年，这两年的工资是否需要退还，需根据具体情况来判断。在正常情况下，劳动者无需退还工资；但如果存在欺诈等违法行为，则可能需要退还并承担法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。