若您已离职且被事业单位告知违规发放了补贴，核心处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若您对“违规发放补贴”的认定存在异议
   首先需明确，事业单位的补贴发放需符合《事业单位人事管理条例》《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》及地方财政补贴发放规范等规定。若您认为补贴发放符合以下条件，可提出异议：

   • 补贴性质属于法定福利（如岗位津贴、艰苦边远地区补贴等）；
     
   • 发放依据为单位内部合法制定的规章制度（如绩效考核奖励、专项任务补贴等），且该制度已通过民主程序公示；
     
   • 补贴金额未超出财政部门核定的标准范围。
     建议行动：要求单位出具书面认定依据（如审计报告、财政检查文件），核对补贴名称、发放时间、金额及依据条款。若单位无法提供合法依据，可向同级人社局或财政局申请行政复议，或通过劳动仲裁主张补贴合法性。

2. 若补贴确实存在违规情形（如超标准发放、虚构名目等）
   根据《财政违法行为处罚处分条例》第六条，单位违规发放补贴的，需承担以下法律责任：

   • 单位责任：由财政部门责令改正，追回违规资金，并可能对单位处以罚款；
     
   • 个人责任：若您作为直接责任人员（如经办人、审批人），可能面临行政处分（如警告、记过）；若涉及贪污、挪用公款等刑事犯罪，则需承担刑事责任。
     但需注意：若您仅作为普通员工领取补贴，且无证据证明您明知违规仍参与，通常无需承担个人责任。单位无权直接从您工资中扣回补贴，需通过法律程序主张权利。
     建议行动：要求单位通过合法途径（如民事诉讼）追回补贴，而非单方面扣款。若单位扣款，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还工资并赔偿损失。

3. 若单位要求您退还补贴但未说明理由或程序违法
   根据《劳动合同法》第三十条，单位扣减工资需满足以下条件：

   • 扣减金额不超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 需与您协商一致或通过法定程序（如民主决议、公示）制定扣款制度。
     若单位未履行上述程序，您有权拒绝退还，并可通过以下途径维权：
     
   • 向单位书面提出异议，要求提供扣款依据及程序文件；
     
   • 向当地劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁；
     
   • 若单位采取威胁、扣押证件等非法手段，可向公安机关报案。

总结建议：

• 第一步：要求单位出具书面认定材料，明确补贴违规的具体依据；
  
• 第二步：核对自身是否属于责任主体（如是否参与违规发放决策）；
  
• 第三步：根据单位要求退还的合法性，选择协商、投诉或仲裁途径维权。
  

如有进一步细节（如补贴类型、单位扣款方式等），可向我补充说明，我会为您分析具体风险点及应对策略。