关于不予退还的投标保证金由谁留存的问题，结论前置：在符合法定情形下，不予退还的投标保证金由招标人留存。以下是对此问题的详细分析：

一、不予退还投标保证金的法定情形

根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》的相关规定，以下情形下招标人有权不予退还投标保证金，并由招标人留存：

1. 投标人在投标有效期内撤销投标文件：

   • 投标有效期是招标文件规定的投标文件保持有效的期限。若投标人在此期限内擅自撤销或修改投标文件，将影响招标的正常进行，招标人可没收其投标保证金。

2. 中标后无正当理由不与招标人订立合同：

   • 中标通知书发出后，中标人需在规定时间内与招标人签订合同。若中标人无故拒绝签约（如以不合理条件拖延或拒绝），招标人有权扣除投标保证金作为违约赔偿。

3. 未按规定提交履约保证金：

   • 部分招标项目要求中标人提交履约保证金以确保合同履行。若中标人未按招标文件要求提交，招标人可视为其放弃中标资格并没收投标保证金。

4. 存在串通投标、弄虚作假等违法行为：

   • 若投标人与其他竞争者串通报价，或伪造资质、业绩等文件骗取中标，招标人不仅有权取消其中标资格，还可依法没收投标保证金，并追究法律责任。

5. 其他严重违反招标文件约定的行为：

   • 例如，投标人提供虚假信息干扰招标程序，或在评标过程中试图贿赂评标委员会成员等行为，均可能被认定为严重违约，导致投标保证金被没收。

二、法律依据

• 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十五条：

  • 投标人撤回已提交的投标文件，应当在投标截止时间前书面通知招标人。招标人已收取投标保证金的，应当自收到投标人书面撤回通知之日起5日内退还。投标截止后投标人撤销投标文件的，招标人可以不退还投标保证金。

• 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第七十四条：

  • 中标人无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交履约保证金的，取消其中标资格，投标保证金不予退还。对依法必须进行招标的项目的中标人，由有关行政监督部门责令改正，可以处中标项目金额10‰以下的罚款。

三、实际案例与法律实践

在实际操作中，如果招标人或投标人违反投标保证金的相关规定，可能会引发纠纷。例如：

• 案例1：某工程招标中，A公司中标后以“合同条款不公平”为由拒绝签约。招标人依据法规没收其投标保证金，并重新组织招标。

• 案例2：B公司与C公司串通投标，通过围标方式抬高报价。经查实后，两家公司的投标保证金均被没收，并被列入失信名单。

四、建议与注意事项

1. 投标人需严格遵守招标文件要求：

   • 仔细阅读招标文件中的保证金条款、投标有效期、合同签订流程等内容，避免因疏忽导致保证金损失。

2. 及时行使权利与履行义务：

   • 如因特殊原因需撤回投标文件，务必在截止时间前书面通知招标人；中标后应按时签订合同并提交履约保证金。

3. 保留证据以维护权益：

   • 若认为招标人不当没收保证金，可通过法律途径主张权利，需提供充分证据证明自身无过错。

4. 加强合规管理：

   • 企业应建立内部合规制度，杜绝串通投标、弄虚作假等违法行为，避免法律风险。

综上所述，不予退还的投标保证金在符合法定情形下由招标人留存。投标人应充分了解相关法律法规，严格履行义务，避免因违规行为导致经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。