违法辞退员工时，公司仍需支付员工应得的工资，且原则上应即时结清，但具体支付时间也可根据双方约定及公司的财务流程在合理期限内进行。以下从不同角度为您详细分析：
法律原则与规定
即时支付原则：
- 根据《工资支付暂行规定》第九条，当劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位有义务在解除或终止劳动合同的同时一次付清劳动者工资。这一规定同样适用于违法辞退的情况，旨在保障劳动者的经济权益，确保其离职后能及时获得应有的劳动报酬。
违法辞退不影响工资支付：
- 违法辞退是指用人单位在没有合法依据的情况下，单方面解除与员工的劳动合同。这种行为虽然违法，但并不影响员工获得其已付出劳动的工资报酬。工资是员工劳动的直接回报，与辞退的合法性无关。
特殊情况与灵活性
双方约定：
- 尽管即时支付是基本原则，但在实际操作中，若双方有明确的约定，并且该约定不违背法律法规的强制性要求，公司可以在约定的时间和方式下支付工资。例如，因财务结算流程等原因，双方同意在辞退后的合理期限（如1-2个工作日）内支付工资，此约定同样具有法律效力。但需注意，这种约定不能成为公司拖延支付工资的理由，且必须确保员工的合法权益不受损害。
公司财务流程：
- 对于拥有固定工资支付周期和流程的公司，可能会因财务结算等原因，无法在辞退员工时立即支付工资。此时，公司应向员工清晰说明原因，并确保在合理期限内支付工资。若公司无故拖延支付，则可能构成违法，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
工资计算与扣除情况
工资计算：
- 工资的计算应基于员工实际出勤的天数和劳动合同中约定的工资标准。例如，若员工月工资为5000元，当月工作了15天（假设月计薪天数为21.75天），则应发工资大约为\(5000\div21.75\times15\approx3448.28\)元。
合法扣除：
- 若员工的过错给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定或相关法律规定要求员工赔偿。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。此外，若用人单位的规章制度明确规定了对于某些特定过错行为可以进行罚款，并且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，则用人单位可以在合理范围内对员工进行罚款。但罚款金额应合理，不能过度扣除员工工资。
员工权益保障与维权途径
权益保障：
- 员工在被违法辞退后，有权要求用人单位支付其应得的工资。即使存在赔偿责任，也不得影响员工获得工资的权利。用人单位在扣除赔偿或罚款后，应确保员工的剩余工资不低于法定最低标准。
维权途径：
- 若用人单位拒绝支付工资或拖延支付，员工可以采取以下措施维护自己的权益：向当地劳动保障监察机构投诉举报，寻求政府部门的帮助和支持；向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径解决纠纷；对仲裁结果不服的，可以向法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
总结与建议：违法辞退员工时，公司仍需支付员工应得的工资，并应遵循法律规定的基本原则，即及时支付。同时，考虑到实际操作的灵活性和公司财务流程的需要，双方可通过协商确定具体的支付时间和方式。但无论采取何种方式，都应确保员工的合法权益得到保障。若您遇到此类问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。