如协会登记的住所只有租赁协议而没有房产证明，应首先确认租赁协议的有效性，并尽快补充相关房产证明文件，以确保协会的合法运营和权益保护。

一. 确认租赁协议的有效性

1. 检查租赁协议内容：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，租赁协议应包含租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付方式等条款。确认协议内容是否完整、合法，且双方签字盖章，以确保其法律效力。
2. 核实出租方身份：确认出租方是否为房产的合法所有人或有权出租人，避免与无权出租人签订协议，导致后续的法律纠纷。

二. 补充房产证明文件

1. 要求出租方提供：与出租方沟通，要求其提供房产证明文件，如房产证、土地使用权证等，以证明其出租的合法性。
2. 向相关部门查询：如出租方无法提供房产证明，可向当地房地产登记部门或相关部门查询该房产的权属情况，以确保租赁的房产无产权争议。

三. 协会运营与权益保护

1. 合法运营：在确认租赁协议有效且房产无争议后，协会可在此住所进行合法运营活动。但应注意，如后续需办理相关证照或手续，可能仍需提供房产证明文件。
2. 权益保护：如因租赁房产产生法律纠纷，协会可依据有效的租赁协议维护自身权益。同时，建议协会在租赁协议中明确约定双方的权利义务，以及违约责任等条款，以更好地保护自身权益。

我建议，协会应尽快与出租方沟通，要求提供房产证明文件，并核实其真实性。如出租方无法提供或存在产权争议，应考虑更换租赁场所或采取其他措施，以确保协会的合法运营和权益保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。