在建设工程施工合同纠纷达成和解协议后，若需要进一步通过法律途径解决争议，确定管辖法院是关键一步。以下是根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，对如何确定管辖法院的详细解答：
一、合同有约定的情况
约定优先：
- 如果建设工程施工合同中已经明确约定了管辖法院或仲裁机构，并且该约定不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定（即不违反级别管辖的标的额限制，也不违背专属管辖的不动产所在地原则），那么应当按照当事人的约定来确定受理案件的法院或仲裁机构。
合法有效的约定：
- 当事人可以通过书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。但此选择必须合法有效，不得违反法律的强制性规定。
二、合同无约定或约定不明的情况
不动产所在地专属管辖：
- 当合同中没有关于管辖的约定，或者约定不明确时，根据《民事诉讼法》的相关规定，这类纠纷应由不动产所在地人民法院管辖。由于建设工程施工合同纠纷涉及的是不动产物权，因此应当由工程所在地的法院来管辖。
具体操作：
- 如果某建设工程位于A市B区，那么A市B区人民法院就对涉及该工程的施工合同纠纷案件拥有管辖权，排除了其他地区法院对该案件的管辖可能性。
三、级别管辖的考虑
基层人民法院管辖：
- 大多数建设工程施工合同纠纷案件由基层人民法院管辖，包括施工行为地以及建设工程施工合同履行地的基层人民法院。
中级人民法院管辖：
- 对于重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件，或者最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件，可能由中级人民法院管辖。例如，某些省份规定，标的额在特定金额以上的建设工程施工合同纠纷案件，由中级人民法院管辖。
四、实际诉讼中的操作建议
检查合同约定：
- 在处理此类纠纷时，当事人应当首先仔细检查合同中是否有关于管辖的约定，并据此确定受理案件的法院或仲裁机构。
遵循法律规定：
- 如果合同中没有相关约定或约定不明确，则应遵循法律规定，向工程所在地的法院提起诉讼。
综合考虑因素：
- 当事人在选择解决纠纷的方式时，也应当充分考虑各种因素，包括诉讼成本、时间效率以及裁决的可执行性等，以做出最为明智的决策。
五、实际案例说明
假设A公司与B公司签订了一份建设工程施工合同，工程位于C市D区。后因工程款支付问题发生纠纷，A公司欲提起诉讼。
- 一般情况：A公司应向C市D区人民法院提起诉讼，因为该法院是工程所在地的人民法院，享有专属管辖权。
- 特殊情况：如果双方在合同中明确约定了由被告住所地（如B公司所在地E市F区）的人民法院管辖，并且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则A公司也可以向E市F区人民法院提起诉讼。
综上所述，建设工程施工合同纠纷的管辖法院确定需综合考虑合同约定、法律规定及实际情况。当事人在面临此类纠纷时，应咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。