针对您提出的问题，关于建设工程施工合同中工程分别在不同地区时如何确定管辖法院，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，建设工程施工合同的管辖法院确定主要遵循以下原则：
被告住所地或合同履行地法院管辖：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 在建设工程施工合同中，合同履行地通常为施工行为地，即工程所在地。
约定管辖优先：
- 如果合同双方在合同中明确约定了管辖法院，并且该约定不违反法律规定（如不违反专属管辖的规定），那么应当按照约定的法院管辖。
专属管辖：
- 建设工程施工合同纠纷可能涉及专属管辖。根据《民事诉讼法》第34条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。
- 建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，即不论合同是否包含不动产权属争议，均由建设工程所在地法院专属管辖。
当工程分别在不同地区时，管辖法院的确定可能会变得复杂。以下是具体的处理建议：
查看合同约定：
- 首先，应查看合同中是否有关于管辖法院的明确约定。如果有，并且该约定不违反法律规定，那么应当按照约定的法院管辖。
确定合同履行地：
- 如果合同中没有约定管辖法院，或者约定不明，那么需要确定合同履行地。
- 在建设工程施工合同中，合同履行地通常为各个施工行为地，即各个工程所在地。
选择管辖法院：
- 根据合同履行地（即工程所在地）和被告住所地，可以确定多个有管辖权的法院。
- 原告可以选择向其中一个有管辖权的法院提起诉讼。如果原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉，那么由最先立案的人民法院管辖。
考虑专属管辖：
- 需要注意的是，由于建设工程施工合同纠纷可能涉及专属管辖，因此，在选择管辖法院时，必须确保所选法院符合专属管辖的规定。
综上所述，当建设工程施工合同中的工程分别在不同地区时，管辖法院的确定需要综合考虑合同约定、合同履行地、被告住所地以及专属管辖等因素。在具体操作中，建议咨询专业律师以确保选择的管辖法院符合法律规定，从而有效维护当事人的合法权益。