在处理涉及一个合同但有多个施工地点的案件时，确定管辖法院确实是一个需要细致考虑的问题。以下是我为您详细分析的确定管辖法院的方法：

一、首要原则：合同约定优先

首先，您应当仔细审查建设工程施工合同中是否有关于管辖法院的明确约定。如果合同中已经明确指定了管辖法院，并且该约定不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定，那么应当优先遵循合同中的约定来确定管辖法院。这是处理此类纠纷的首要原则。

二、合同无约定或约定不明时的处理

如果合同中没有关于管辖的约定，或者约定不明确，那么就需要依据法律规定来确定管辖法院。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程施工合同纠纷应由不动产所在地人民法院专属管辖。这里的“不动产所在地”通常指的是工程所在地。

1. 单一工程地点：

   • 如果合同只涉及一个工程地点，那么该工程所在地的法院就具有管辖权。

2. 多个工程地点：

   • 同一辖区：如果多个工程地点位于同一辖区内，那么该辖区的基层人民法院通常具有管辖权。
   • 不同辖区：如果多个工程地点分属不同辖区，情况就相对复杂一些。此时，您需要考虑这些工程是否相关联且可作为一个整体案件处理。如果它们属于同一建设项目的不同部分，且相互关联，那么您可以选择其中一个主要工程所在地的法院进行集中管辖。如果这些工程相互独立或不宜合并审理，那么您可能需要分别根据各个工程所在地来确定管辖法院。

三、级别管辖的考虑

在确定管辖法院时，除了考虑地域管辖外，还需要考虑级别管辖的问题。不同标的额的建设工程施工合同纠纷案件会由不同级别的法院管辖。因此，您需要根据案件的具体情况，确定应由哪一级别的法院来管辖。

四、实际操作建议

1. 仔细审查合同：在提起诉讼前，务必仔细审查合同中是否有关于管辖的约定，并据此确定受理案件的法院。
2. 咨询专业律师：由于管辖法院的确定可能涉及复杂的法律问题和实际操作经验，因此建议您在遇到此类问题时及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
3. 考虑诉讼成本和时间效率：在选择管辖法院时，除了考虑法律因素外，还需要考虑诉讼成本和时间效率等因素。选择一个对您来说更为便利和高效的法院进行诉讼，有助于降低诉讼成本并提高诉讼效率。

综上所述，确定涉及一个合同但有多个施工地点的案件的管辖法院需要综合考虑合同约定、法律规定及实际情况。希望以上分析能对您有所帮助。如果您在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师。