关于土地承包合同纠纷的管辖法院确定问题，这是一个涉及法律程序和具体规定的重要事项。以下是我为您详细梳理的确定方法：

一、基本原则：不动产纠纷专属管辖

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，农村土地承包经营合同纠纷，由于其标的物是土地，属于不动产范畴，因此原则上应由不动产所在地的人民法院专属管辖。这一规定主要是考虑到土地纠纷往往与土地的自然属性、当地政策紧密相关，由不动产所在地法院管辖便于实地调查、勘验，有利于案件的审理和执行。

实例说明：比如，甲村与乙公司签订了一份土地承包合同，涉及的土地位于A县。如果双方因合同履行发生纠纷，那么该纠纷应由A县人民法院管辖。

二、合同中有管辖协议的情况

虽然土地承包合同纠纷原则上按不动产纠纷专属管辖，但如果合同当事人之间存在合法有效的管辖协议，且该协议不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么可以按照协议确定的法院进行管辖。

注意事项：

1. 管辖协议必须合法有效，不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。
2. 由于土地承包合同纠纷的特殊性，实践中存在管辖协议的情况相对较少。
3. 管辖协议不得约定由不动产所在地以外的法院管辖，否则该约定无效。

实例说明：如果甲乙双方在合同中明确约定，因合同纠纷产生的诉讼由合同签订地的中级人民法院管辖，且该约定合法有效，不违反级别管辖和专属管辖规定，那么就可以由合同签订地的中级人民法院管辖。但如果约定由A县以外的法院管辖，则该约定无效，仍应按不动产纠纷由A县人民法院管辖。

三、合同中无管辖协议的情况

当合同中没有明确约定管辖法院时，原告可以选择向被告住所地或合同履行地（即土地承包地）的法院提起诉讼。

具体说明：

1. 被告住所地：指被告的户籍所在地或经常居住地。如果被告是法人或其他组织，则为其主要办事机构所在地。
2. 合同履行地：对于土地承包合同来说，通常涉及土地的交付、使用等，因此土地所在地往往被视为合同履行地。

实例说明：如果甲乙双方签订的土地承包合同中未约定管辖法院，双方因合同履行发生纠纷，原告可以选择向被告乙公司住所地的法院或土地承包地A县的法院提起诉讼。

四、特殊情形下的管辖

对于非农村土地承包合同纠纷，如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么按约定确定管辖法院。如果合同未约定管辖法院，则适用一般合同纠纷的管辖原则，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

五、注意事项

1. 协议管辖的限制：当事人可以在合同中约定管辖法院，但该约定不得违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。
2. 管辖权异议：如果当事人对管辖法院有异议，应在提交答辩状期间提出。法院经审查后，认为异议成立的，会裁定将案件移送至有管辖权的法院；认为异议不成立的，会裁定驳回。

综上所述，土地承包合同纠纷的管辖法院确定需遵循上述原则，并考虑是否存在合法有效的管辖协议。在无协议或协议无效的情况下，原告可根据被告住所地或合同履行地选择适当的法院提起诉讼。希望这些信息能对您有所帮助。