建设工程施工合同纠纷的主管确定，主要依据双方是否在合同中约定了有效的仲裁条款，以及相关法律法规的规定。具体分析如下：
仲裁主管的确定
- 仲裁条款的有效性：根据《中华人民共和国仲裁法》第二条和第三条，建设工程施工合同纠纷作为平等民事主体间的合同纠纷，属于可仲裁范围，且不属于不能仲裁的纠纷类型。因此，若双方在合同中明确约定了有效的仲裁条款，则纠纷应通过仲裁方式解决。
- 仲裁协议的自愿原则：依据《中华人民共和国仲裁法》第四条，仲裁必须基于双方当事人的自愿，即需通过仲裁协议或合同中的仲裁条款明确表示选择仲裁作为纠纷解决方式。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
- 仲裁条款的具体内容：有效的仲裁条款应包含请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁机构。这是确保仲裁条款能够实际执行并产生法律效力的关键。
法院主管的确定
- 无仲裁协议或仲裁协议无效的情况：若双方未在合同中约定仲裁条款，或仲裁条款因违反法律法规而无效，则纠纷应通过诉讼方式解决。此时，根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程施工合同纠纷应按照不动产纠纷确定管辖，即由不动产所在地人民法院管辖。
- 仲裁与诉讼的协调：在存在有效仲裁条款的情况下，双方应优先通过仲裁解决纠纷。若一方违反仲裁协议向人民法院起诉，人民法院在审查后发现存在有效仲裁协议的，将告知原告向仲裁机构申请仲裁，并驳回起诉。
专门性问题的处理
- 在仲裁过程中，若涉及工程造价、质量、修复费用等专门性问题，可参照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定进行处理。这确保了仲裁裁决的专业性和公正性，同时也体现了仲裁与诉讼在解决建设工程施工合同纠纷时的互补性。
建议与总结：
- 明确约定仲裁条款：为避免纠纷解决方式的不确定性，建议在签订建设工程施工合同时，明确约定有效的仲裁条款，包括请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁机构。
- 了解相关法律法规：双方应充分了解《中华人民共和国仲裁法》、《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释中关于仲裁和诉讼的规定，以便在纠纷发生时能够准确选择纠纷解决方式。
- 寻求专业法律帮助：在签订合同或处理纠纷时，若遇到法律难题或不确定的情况，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到有效保障。
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