员工在劳动仲裁中申请确认劳动关系，主要是为了明确双方的权利义务关系，为后续主张各项权益奠定基础。以下从几个方面详细解释这一做法的原因和重要性：

一、确认劳动关系是主张权益的前提

在实际工作中，有些用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，导致双方就是否存在劳动关系产生分歧。此时，劳动者若要主张工资、经济补偿、工伤赔偿等权益，首先需要确认劳动关系的存在。因为，只有确认了劳动关系，劳动者才能依法享受相应的劳动权益，如获得劳动报酬、享受社会保险待遇等。

举例：小张在一家小工厂工作但未签订劳动合同，工作中受伤后工厂否认与其存在劳动关系。此时，小张若要申请工伤认定和赔偿，就必须先通过劳动仲裁确认劳动关系。

二、劳动仲裁是确认劳动关系的有效途径

劳动仲裁作为解决劳动争议的一种法定程序，具有确认劳动关系的重要职能。当劳动者与用人单位之间就劳动关系的存在产生争议时，劳动仲裁委员会可以依法进行裁决，以明确双方的权利义务关系。

法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动仲裁适用于用人单位与劳动者之间因确认劳动关系等发生的争议。

三、确认劳动关系后的法律效力

一旦劳动仲裁委员会确认劳动关系存在，该裁决即具有法律效力。这意味着，如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。这对于维护劳动者的合法权益，如主张工资报酬、社会保险待遇等，具有重要意义。

举例：若劳动仲裁委员会裁决确认了小张与工厂的劳动关系，那么工厂就必须承担相应的法律责任，如支付工伤赔偿等。

四、确认劳动关系所需的证据

在劳动仲裁中，确认劳动关系的证据是决定案件走向的关键。为了全面、准确地证明劳动关系的存在，劳动者可以提供以下证据：

1. 劳动合同：这是最直接且有力的证据。合同应明确载明工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间及合同期限等关键条款。
2. 工资支付记录：包括银行流水、工资条、支付凭证等。这些记录能够显示用人单位定期向劳动者支付工资的情况。
3. 工作证件：如工作证、服务证等，能够证明劳动者身份的证件。
4. 考勤记录：包括纸质考勤表、电子打卡记录等，能够反映劳动者的出勤情况。
5. 其他证据：如与用人单位的谈话记录、工作邮件来往、证人证言等，这些都可以作为辅助证据来支持劳动者的主张。

五、建议与注意事项

1. 及时申请劳动仲裁：一旦发现用人单位未签订劳动合同或否认劳动关系，劳动者应及时向劳动仲裁机构申请仲裁，以免错过时效。
2. 充分准备证据：在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集并整理好相关证据，以确保自己的主张得到支持。
3. 了解仲裁程序：劳动者应了解劳动仲裁的程序和规定，以便在仲裁过程中更好地维护自己的权益。

总结：员工在劳动仲裁中申请确认劳动关系，是为了明确双方的权利义务关系，为后续主张各项权益奠定基础。劳动仲裁是确认劳动关系的有效途径，且一旦裁决确认劳动关系存在，即具有法律效力。因此，劳动者在遇到劳动关系争议时，应积极通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。