当公司员工手册中的员工规章制度与劳动合同条款发生冲突时，一般应以劳动合同条款为准，但具体还需结合实际情况和相关法律规定进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、劳动合同的优先性
合同效力：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦依法订立，即具有法律约束力，双方必须履行。因此，当员工手册中的规章制度与劳动合同条款不一致时，劳动合同条款通常具有优先效力。
意思自治原则：劳动合同是双方意思自治的体现，劳动者和用人单位在订立合同时，有权根据自身需求和实际情况协商确定合同内容。而员工手册虽然也是用人单位管理员工的重要依据，但其制定和修改往往受到用人单位单方面的影响，相对缺乏劳动者的参与和协商。因此，在两者发生冲突时，应倾向于保护劳动者的权益，即优先适用劳动合同条款。
二、员工手册的适用条件
合法性审查：虽然员工手册在一般情况下可能不具有优先于劳动合同的效力，但如果员工手册的内容符合法律法规的规定，且已经通过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定并公示给劳动者，那么在某些情况下，员工手册中的规定也可能被认定为有效。然而，这并不意味着员工手册可以随意凌驾于劳动合同之上，而是需要在具体案件中结合实际情况进行判断。
补充与细化：员工手册通常用于对劳动合同中的某些条款进行补充和细化，以更好地规范员工的行为和管理劳动关系。当员工手册中的规定与劳动合同条款不冲突时，两者可以并行不悖地适用。但如果发生冲突，仍应优先适用劳动合同条款。
三、实际操作中的建议
审查合同与手册：作为劳动者，在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，并了解员工手册的内容。如果发现两者之间存在冲突或不明确之处，应及时与用人单位沟通并寻求解决方案。
保留证据：在劳动关系存续期间，劳动者应妥善保管劳动合同和员工手册等相关证据。一旦发生纠纷，这些证据将有助于维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：如果劳动者与用人单位在劳动合同和员工手册的适用问题上发生争议，且无法通过协商解决，可以寻求法律帮助或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
举例说明：假设某公司的劳动合同中明确规定了员工的加班工资计算方式，但员工手册中却规定了另一种不同的计算方式。在这种情况下，由于劳动合同具有优先效力，因此应按照劳动合同中的规定来计算加班工资。如果员工手册中的规定未经民主程序制定或未公示给劳动者，那么该规定甚至可能被认定为无效。
综上所述，当公司员工手册中的员工规章制度与劳动合同条款发生冲突时，一般应以劳动合同条款为准。但具体还需结合实际情况和相关法律规定进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。