在处理员工违反规章制度的问题时，应首先参照劳动合同书，同时结合员工手册的具体内容来进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 劳动合同书的优先性：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。它具有法律约束力，是处理劳动争议的重要依据。
   • 当劳动合同中明确规定了员工的规章制度、违纪处理等内容时，这些规定应作为处理员工违纪行为的首要依据。因为劳动合同是双方自愿签订的，具有最高的法律效力。

2. 员工手册的补充作用：

   • 员工手册是用人单位制定的，用于规范员工行为、明确工作纪律和奖惩措施的内部管理文件。
   • 如果劳动合同中没有详细规定规章制度或违纪处理条款，或者员工手册中的规定更为具体、详细，那么员工手册可以作为劳动合同的补充，用于处理员工违纪行为。
   • 但需要注意的是，员工手册必须经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并且已经向员工公示或告知，才能作为处理依据。否则，其法律效力可能会受到质疑。

3. 综合判断与处理：

   • 在处理员工违反规章制度的问题时，用人单位应首先审查劳动合同中的相关规定，确定员工是否违反了合同约定的义务。
   • 如果劳动合同中没有相关规定或规定不明确，再审查员工手册中的相关规定，并确认其是否经过民主程序制定且已向员工公示。
   • 根据审查结果，用人单位可以依据劳动合同或员工手册的规定，对员工进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。但处理措施必须合法、合理，且符合劳动合同和员工手册的规定。

4. 法律后果与风险提示：

   • 如果用人单位在处理员工违纪行为时，违反了劳动合同或员工手册的规定，或者处理措施不合法、不合理，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任。
   • 因此，用人单位在制定和执行规章制度时，应确保其合法性、合理性和公示性，以避免不必要的法律风险。

建议：作为用人单位，在处理员工违反规章制度的问题时，应谨慎审查劳动合同和员工手册的相关规定，确保处理措施的合法性和合理性。同时，建议定期对员工进行规章制度培训，提高员工的法律意识和纪律意识。如果遇到复杂的劳动争议问题，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。