员工手册中同一制度处罚不一样，是否违法需分情况讨论：

1. 若处罚差异基于合理且明确的区分标准：

   • 不违法：员工手册作为企业内部规章制度，其处罚条款的设定应当遵循公平、公正、合理的原则。如果同一制度下针对不同情形或不同岗位的员工设定了不同的处罚标准，且这些标准是基于合理且明确的区分标准（如违规行为的性质、情节、后果等），那么这种差异是合法的。例如，对于迟到这一违规行为，员工手册可能规定首次迟到警告，多次迟到则扣发奖金，这种基于违规次数和情节的处罚差异是合理的。

2. 若处罚差异缺乏合理依据或存在歧视性：

   • 违法：如果员工手册中的处罚差异缺乏合理依据，或者存在对特定员工或员工群体的歧视性待遇，那么这种差异就是违法的。例如，如果员工手册规定对男性员工和女性员工在相同违规行为下给予不同的处罚，且这种差异没有合理的解释或依据，那么就可能构成性别歧视，违反相关法律法规。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，这些规章制度应当公平、公正、合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得存在对劳动者的歧视性待遇。

• 建议：

  • 审查员工手册：用人单位应当定期审查员工手册中的处罚条款，确保其符合法律法规的要求，且不存在不合理的差异或歧视性待遇。
  • 明确区分标准：如果需要在同一制度下设定不同的处罚标准，应当明确区分标准，并确保这些标准合理、公正、透明。
  • 咨询专业律师：在制定或修改员工手册时，建议用人单位咨询专业律师的意见，以确保其合法性和合规性。

可能法律后果：

• 如果员工手册中的处罚差异被认定为违法或不合理，用人单位可能面临劳动争议、行政处罚等法律后果。例如，劳动者可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求用人单位撤销不合理的处罚决定或赔偿损失；同时，劳动行政部门也可能对用人单位进行处罚，要求其改正违法行为。

总结与进一步思考：

员工手册中同一制度处罚不一样是否违法，关键在于处罚差异是否基于合理且明确的区分标准。用人单位在制定或修改员工手册时，应当充分考虑这一因素，确保处罚条款的合法性和合规性。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。