当员工发现所签的员工手册违反劳动法时，可以采取以下步骤来处理：

一、明确违规内容

首先，要仔细审阅员工手册，明确哪些条款违反了劳动法。常见的违规内容可能包括：

1. 罚款类条款：如规定迟到、旷工等行为的罚款，这违反了《行政处罚法》，因为企业无权实施罚款。
2. 排除员工权利类条款：如限制员工的婚姻、生育权利或休假权利，这违反了《劳动合同法》中关于保护劳动者权益的规定。
3. 违法解除类条款：如规定“自动离职”或“末位淘汰”等不合法的解除劳动合同方式。

二、与用人单位沟通

在确认员工手册存在违规内容后，建议首先与用人单位的HR部门或管理层进行沟通，指出手册中的违规条款，并要求其进行修正。可以通过书面或口头的形式提出，但最好保留沟通的记录，以便后续处理。

三、寻求法律援助或咨询

如果用人单位拒绝修正员工手册或对员工提出的异议不予理睬，员工可以寻求法律援助或咨询，了解自己的权益和可能的法律途径。可以咨询当地的劳动监察部门、劳动仲裁委员会或律师等专业人士。

四、向劳动行政部门举报

如果员工手册的违规内容严重侵犯了劳动者的权益，员工可以向当地的劳动行政部门进行举报。劳动行政部门有权要求企业进行整改，并对违规行为进行处罚。

五、法律后果与赔偿

如果由于员工手册的违规内容导致员工遭受了实质性的损失或伤害，员工可以要求企业承担相应的赔偿和补偿责任。在劳动争议案件中，违反劳动法律法规的员工手册条款将失去其合法性基础，企业可能需要支付经济补偿金、赔偿金等。

六、预防措施

为了避免类似情况的发生，建议企业在制定员工手册时，应严格遵守劳动法律法规，确保手册内容的合法性和合规性。同时，员工在签订员工手册时，也应仔细阅读并了解其中的内容，对于存在疑问或不合法的条款，要及时提出并寻求解决。

综上所述，当员工发现所签的员工手册违反劳动法时，应通过明确违规内容、与用人单位沟通、寻求法律援助或咨询、向劳动行政部门举报以及要求赔偿等步骤来维护自己的权益。同时，企业也应加强员工手册的合法性和合规性审查，确保手册内容符合劳动法律法规的要求。