当员工手册和规章制度与劳动合同约定存在冲突时，应当优先适用劳动合同的约定，但具体处理方式需结合冲突内容、制定程序及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 优先适用劳动合同的法律依据

根据《劳动合同法》第三十五条，劳动合同的变更需经双方协商一致并采用书面形式。员工手册或规章制度属于用人单位单方制定的文件，若其内容与劳动合同直接冲突（如薪资、岗位、工作时间等核心条款），未经劳动者同意的变更不具有法律效力，应以劳动合同为准。

例外情形：若规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）且已公示，且内容不违反法律强制性规定（如最低工资、社保缴纳等），可能被认定为有效。但即便如此，对劳动者不利的条款仍需以劳动合同约定为优先。

2. 冲突处理的具体步骤

（1）识别冲突性质

• 核心条款冲突（如薪资、岗位、合同期限）：直接以劳动合同为准，用人单位不得单方变更。
• 非核心条款冲突（如考勤规则、福利标准）：若规章制度合法且合理，可能适用规章制度，但需确保劳动者知晓并同意。

（2）核查制定程序

• 规章制度需满足《劳动合同法》第四条要求的民主程序（如职工代表大会讨论、协商）和公示程序（如签字确认、系统公告）。
• 若程序缺失，规章制度可能被认定为无效，冲突条款以劳动合同为准。

（3）协商与书面确认

• 用人单位应与劳动者协商一致，通过书面协议（如补充合同）修改劳动合同条款，避免后续纠纷。
• 若协商不成，劳动者可主张按原劳动合同履行，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 用人单位的合规建议

• 统一性审查：制定或修订规章制度时，应与劳动合同条款核对，避免冲突。
• 民主程序与公示：确保规章制度经民主程序制定，并通过培训、签字等方式向劳动者公示。
• 动态调整：劳动合同变更时，同步修订相关规章制度，保持一致性。

4. 劳动者的应对措施

• 保留证据：保存劳动合同、员工手册、规章制度等文件，以及冲突条款的对比记录。
• 提出异议：若发现冲突，可书面要求用人单位说明依据，并保留沟通记录。
• 维权途径：向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张权利（如要求按劳动合同履行、支付赔偿等）。

总结：劳动合同是劳动者与用人单位权利义务的核心依据，其约定优先于后续制定的规章制度。但若规章制度合法且合理，可能对非核心条款产生补充效力。建议双方通过协商解决冲突，必要时寻求法律途径维护权益。如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询。