结论：当公司制定的制度与《劳动合同法》等法律法规相冲突时，该规章制度不具有法律效力；若公司规章制度与劳动合同内容不一致，劳动者有权请求优先适用劳动合同的约定。
一、公司规章制度与法律法规冲突时的法律效力
法律法规的优先性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司规章制度必须遵守国家法律法规的规定，不得与之相抵触。若规章制度的内容违反法律法规，将导致其部分或全部无效。
- 例如，若公司规章制度中规定的加班工资支付标准低于《劳动法》规定的标准，则该部分规章制度无效，公司需按照法定标准支付加班工资。
规章制度的制定程序：
- 公司在制定规章制度时，需遵循法定的民主程序和公示程序。这包括经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或告知劳动者。
- 若公司未遵循这些程序制定规章制度，该规章制度可能不被认可，对劳动者不具有法律效力。
二、公司规章制度与劳动合同内容不一致时的处理原则
优先适用劳动合同：
- 根据“特殊优于一般”的法律效力原则，当公司规章制度与劳动合同发生冲突时，应优先适用劳动合同的约定。劳动合同是劳动者与用人单位之间基于平等自愿原则签订的，直接约束双方权利义务的特殊协议。
- 例如，若劳动合同中明确规定了加班工资的计算方式，且该方式高于公司规章制度中的规定，则应按照劳动合同的约定执行。
合法性原则：
- 无论是公司规章制度还是劳动合同，均必须严格遵守国家法律法规。若两者均未明确约定或约定违法，则应依据法律法规的最低标准执行。
- 例如，若劳动合同和规章制度均未规定年假天数，则应按照《劳动法》的规定，根据劳动者的工作年限确定年假天数。
保护劳动者权益：
- 在冲突处理中，应倾斜保护劳动者的合法权益。劳动者在劳动关系中通常处于相对弱势地位，因此法律在制定和解释时倾向于保护劳动者的利益。
- 若公司规章制度或劳动合同中的条款对劳动者不利，且违反法律法规或公序良俗，劳动者有权要求变更或撤销该条款。
三、实操建议
保持一致性：
- 公司应努力确保规章制度与劳动合同内容的一致性，以避免潜在的纠纷。在制定或修改规章制度时，应充分考虑劳动合同的约定，确保两者不产生冲突。
明确约定：
- 在劳动合同中，可以明确规章制度的地位及与劳动合同条款的关系。例如，可以约定在两者不一致时以劳动合同为准，或者规定规章制度作为劳动合同的附件具有同等效力。
民主程序与公示：
- 公司在制定和修改规章制度时，必须严格遵守法定的民主程序和公示程序。这有助于确保规章制度的合法性和有效性，减少因程序瑕疵导致的法律风险。
法律培训与意识提升：
- 公司应加强对管理人员和劳动者的法律培训，提高双方的法律意识。这有助于确保规章制度的制定和执行符合法律法规的要求，同时也有助于劳动者更好地维护自己的合法权益。
后续行动建议：若您发现公司规章制度与法律法规或劳动合同存在冲突，建议首先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。若协商无果，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。