针对员工已离职16年，现在到法院告公司确认16年以前同公司存在劳动关系的情况，法院的判决会基于多种因素进行综合考量，无法直接给出一个确定的判决结果，但可以分情况讨论：
证据充分性：
- 证据充分：如果员工能够提供充分的证据来证明16年前与公司存在劳动关系，如劳动合同、工资单、工作证、同事证言等，且这些证据在法律上被认定为有效，那么法院很可能会认定员工与公司之间存在劳动关系。
- 证据不足：如果员工无法提供足够的证据来证明其与公司存在劳动关系，或者提供的证据存在瑕疵、不完整或无法被法律认定，那么法院可能会驳回员工的诉讼请求。
诉讼时效：
- 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》及相关劳动法律法规，确认劳动关系的诉讼时效通常为三年，自知道或应当知道权利受到侵害之日起计算。但这一规定并非绝对，具体诉讼时效可能因地区、案件类型等因素而有所不同。
- 特殊情况：如果员工能够证明其在诉讼时效期间内因某种原因（如不可抗力、其他障碍等）无法行使请求权，且该原因消除后及时提起了诉讼，那么法院可能会根据具体情况对诉讼时效进行适当延长。然而，对于已离职16年的情况，这一特殊情况很难得到法院的认可。
- 实务观点：从实务角度看，虽然法律上可能没有直接规定确认劳动关系的诉讼时效，但法院在审理此类案件时，往往会考虑时间因素对证据收集、事实认定等方面的影响。如果时间过长，导致相关证据灭失或难以收集，法院可能会以超过合理期限为由驳回诉讼请求。不过，若员工能提供确凿证据，即便离职多年，法院仍可能支持其诉求。
法律适用与司法实践：
- 法律适用：法院在审理此类案件时，会依据相关劳动法律法规进行判决。这些法律法规旨在保护劳动者的合法权益，同时维护用人单位的合法权益。
- 司法实践：在司法实践中，法院对于确认劳动关系的案件通常会进行严格的审查。除了考虑证据充分性和诉讼时效外，法院还会考虑双方当事人的陈述、证人证言、其他相关证据等因素。
法律建议：
- 对于员工而言，如果希望确认与公司的劳动关系，应尽早收集并保存相关证据，以便在需要时提供给法院。
- 对于公司而言，如果面临此类诉讼，应积极应诉，提供相反证据来反驳员工的诉讼请求，并可以考虑与员工进行协商和解，以避免不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 如果法院认定员工与公司之间存在劳动关系，员工可能会据此要求公司支付未签订书面劳动合同的双倍工资、补缴社会保险费、支付经济补偿金等。
- 如果法院驳回员工的诉讼请求，员工将无法基于劳动关系主张相关权益。
总结来看，法院对于此类案件的判决会基于证据充分性、诉讼时效以及法律适用与司法实践等多种因素进行综合考量。因此，无法直接给出一个确定的判决结果。如果您或您所在的公司面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。