药店员工之间自行签订合作合同，在符合法律规定且不违反药店内部规定的情况下，是可以的，但需谨慎对待。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律角度
合同效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体之间可以依法设立、变更、终止民事法律关系。因此，药店员工之间如果就合作事宜达成一致，并签订书面合同，该合同在符合法律规定（如双方具有完全民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等）的情况下，是具有法律效力的。
合同内容：
- 合同内容应当明确双方的权利和义务，包括但不限于合作方式、利润分配、风险承担、违约责任等。合同内容应当合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。
药店规定：
- 药店作为用人单位，可能对其员工的兼职、合作等行为有内部规定。员工在签订合作合同时，应当确保该合同不违反药店的内部规定，否则可能面临药店的纪律处分或法律责任。
二、实践角度
药店利益：
- 药店员工之间的合作合同，如果涉及药店的业务或资源，可能会对药店的利益产生影响。因此，在签订合作合同时，应当充分考虑药店的利益，避免因个人合作而损害药店的整体利益。
员工关系：
- 药店员工之间的合作合同，可能会影响员工之间的关系。如果合作合同处理不当，可能会引发员工之间的矛盾和纠纷，进而影响药店的正常运营。因此，在签订合作合同时，应当注重员工关系的维护，确保合作合同的公平性和合理性。
风险防控：
- 药店员工在签订合作合同时，应当充分评估合作风险，并制定相应的风险防控措施。例如，可以约定违约责任、争议解决方式等条款，以降低合作过程中的不确定性和风险。
三、建议与注意事项
咨询专业意见：
- 在签订合作合同前，建议药店员工咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保合同的合法性和有效性。
明确合同条款：
- 合同条款应当明确、具体，避免使用模糊或歧义的表述。双方应当对合同条款进行充分沟通和协商，确保双方对合同内容有清晰、一致的理解。
遵守药店规定：
- 药店员工在签订合作合同时，应当遵守药店的内部规定和规章制度，确保合作合同的合法性和合规性。
保留证据：
- 在合作过程中，双方应当保留相关证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等，以备不时之需。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。