在综合工时制度下，员工年休假的计算其实与具体的工时制度关系不大，而是主要依据员工的工作年限来确定。下面我将为您详细解释如何计算综合工时制度下的年休假。

首先，我们需要明确的是，年休假是员工依法享有的一项权利，其天数与员工的工作年限紧密相关。根据《职工带薪年休假条例》以及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，我们可以将年休假的计算规则归纳如下：

1. 工作年限与年休假天数的关系：

   • 员工在同一单位或不同单位连续工作满1年但不足10年的，享有每年5天的带薪年休假。
   • 工作满10年但不足20年的员工，享有每年10天的带薪年休假。
   • 工作满20年及以上的员工，则享有每年15天的带薪年休假。

2. 年休假的计算依据：

   • 年休假的计算是基于员工在不同工作单位的累计工作年限，而非仅在当前单位的工作年限。这意味着，如果员工在多个单位工作过，其年休假天数应根据所有工作单位的累计工作年限来确定。

3. 年休假期间的待遇：

   • 员工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，这是法律对员工权益的保障。

4. 特殊情况的说明：

   • 国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。这意味着，如果员工的年休假期间包含了法定节假日或休息日，这些天数不会从年休假中扣除。

5. 综合工时制度的影响：

   • 尽管员工可能处于综合工时制度下，但这并不影响其年休假的计算。综合工时制度主要关注的是员工在一定周期内（如周、月、季度或年度）的平均工作时间，而年休假则是基于员工的工作年限来确定的。

综上所述，综合工时制度下的年休假计算主要依据员工的工作年限，与具体的工时制度无关。员工应根据自己的累计工作年限来确定应享有的年休假天数，并在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。希望这些解释能帮助您更好地理解综合工时制度下的年休假计算规则。