核心结论：孕晚期员工在公司转让注销、调入其他门店且不愿意的情况下，可通过协商、投诉举报、申请劳动仲裁等途径维权，要求公司承担相应责任。

具体分析：

1. 与公司协商：
   • 孕晚期员工身体较为特殊，公司转让注销并要求调入其他门店，可能给员工带来诸多不便，如通勤困难、工作环境不适应等。员工首先可以尝试与公司进行友好协商，明确表达自己不愿意调入其他门店的原因，如身体状况不允许长途通勤、新门店的工作环境不适合孕妇等。
   • 在协商过程中，员工可以提出合理的诉求，例如要求公司按照法律规定支付经济补偿金后解除劳动合同，或者要求公司保留原岗位直至产假结束等。如果公司同意员工的合理诉求，双方可以签订书面协议，明确各自的权利和义务。
2. 向劳动监察部门投诉举报：
   • 如果公司拒绝与员工协商或者协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报。根据《劳动保障监察条例》的规定，劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工行为进行监督检查，对违反劳动法律法规的行为进行查处。
   • 员工在投诉举报时，需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资支付记录、公司调岗通知等，以证明公司存在违法行为。劳动监察部门在接到投诉举报后，会进行调查核实，如果情况属实，会责令公司改正违法行为，并可能对公司进行处罚。
3. 申请劳动仲裁：
   • 若通过投诉举报仍无法解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，具有程序简便、效率较高的特点。
   • 员工在申请劳动仲裁时，需要提交仲裁申请书和相关证据材料。仲裁申请书应当载明员工的仲裁请求、事实和理由等内容。劳动争议仲裁委员会在受理仲裁申请后，会安排开庭审理，并根据双方提供的证据和陈述作出仲裁裁决。
   • 如果员工对仲裁裁决不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动合同法》第四十条规定，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。但该法第四十二条同时规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。
• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

建议：在整个维权过程中，员工要注意保留好相关证据，如劳动合同、工资条、调岗通知、沟通记录等，以便在需要时能够提供有力的证明。如果遇到法律问题，可以直接向我咨询。