当员工不能亲自来办理离职手续时，公司需要采取一系列妥善且合法的措施来处理这一情况，以确保双方权益得到保障，同时避免潜在的法律风险和经济损失。以下是一些建议步骤：

一、与员工沟通确认

1. 联系员工：首先，公司应尝试通过电话、邮件或其他电子方式与员工取得联系，了解其不能亲自办理离职手续的具体原因。
2. 确认离职意愿：在沟通中，明确员工的离职意愿，并确认其是否希望继续通过远程方式完成离职流程。

二、远程办理离职手续

1. 提供电子文档：如果员工同意远程办理，公司可以准备电子版的离职申请表、工作交接清单等必要文件，供员工填写并电子签名。
2. 视频会议确认：通过视频会议的方式，与员工进行面对面的沟通，确认其离职意愿，并讨论工作交接的具体事宜。在会议中，可以要求员工展示已填写的电子文档，并进行口头确认。
3. 邮寄纸质文件：如果员工需要纸质版的离职证明或其他文件，公司可以将其邮寄至员工指定的地址。同时，要求员工在收到文件后签署回执，以确认其已收到并认可相关文件。

三、工作交接与资料移交

1. 详细交接清单：制定详细的工作交接清单，明确需要移交的资料、物品和职责。通过电子邮件或其他电子方式与员工确认清单内容。
2. 远程指导交接：如果可能，安排其他员工或部门负责人通过远程方式指导离职员工完成工作交接。这可以包括共享屏幕、远程协助等。
3. 确认交接完成：在员工完成工作交接后，要求其通过电子邮件或其他方式确认交接已完成，并附上相关交接资料的电子版或扫描件。

四、法律与合规考虑

1. 遵守劳动法规定：确保整个离职过程符合《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，特别是关于离职手续、经济补偿和社保转移等方面的要求。
2. 保留证据：保留与员工沟通的所有记录，包括电子邮件、聊天记录、视频会议记录等，以备不时之需。
3. 及时办理社保减员：根据法律规定，公司应在员工离职后十五日内为其办理社会保险关系转移手续。即使员工不能亲自来办理，公司也应通过合法途径及时完成这一流程，以避免产生不必要的社保费用。

五、后续跟进与关怀

1. 发送离职证明：在员工确认离职并完成所有手续后，及时向其发送离职证明，并附上相关祝福和感谢的话语。
2. 保持联系：如果可能，保持与离职员工的联系，了解其后续职业发展情况，并为公司未来的招聘和人才储备提供参考。

通过以上步骤，公司可以在员工不能亲自来办理离职手续的情况下，依然确保离职流程的顺利进行，同时维护双方的权益和关系。