合同签章后有争议，双方同意作废后，该合同原则上不再具有法律效力。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、合同作废的法律效果
合同效力终止：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。然而，当双方就合同的解除或作废达成一致时，该合同即失去其原有的法律约束力，双方不再受合同条款的约束。
权利义务终止：合同作废后，双方基于合同产生的权利和义务也随之终止。这意味着，任何一方都不得再依据原合同条款要求对方履行义务或承担责任。
二、合同作废的合法程序
双方协商一致：合同作废必须基于双方的真实意愿和协商一致。任何一方不得单方面宣布合同作废，否则可能构成违约行为。
书面形式确认：为了确保合同作废的合法性和有效性，建议双方以书面形式确认合同作废的事宜。这可以包括签订解除协议、作废声明等文件，以明确双方的权利和义务。
三、合同作废后的注意事项
清理债权债务：合同作废后，双方应清理基于合同产生的债权债务关系。如有未了结的款项或义务，双方应协商解决，确保合同作废后的权益得到妥善处理。
保留相关证据：在合同作废过程中，双方应保留相关证据，如协商记录、书面确认文件等。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
四、特殊情况下的合同效力
部分条款无效：如果合同中存在部分无效条款，但其他条款仍然有效且双方同意继续履行有效部分，那么合同并非完全作废。在这种情况下，双方应就有效部分继续履行，并就无效部分进行协商或寻求法律救济。
法定无效情形：根据法律规定，某些合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗而无效。在这种情况下，即使双方未就合同作废达成一致，合同也可能被认定为无效。然而，这并不影响双方就合同无效后的权益处理进行协商。
建议：在处理合同作废事宜时，双方应谨慎行事，确保所有步骤都符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。