合同有争议部分双方盖章，并不一定直接意味着该部分内容有效，其有效性需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 盖章的法律意义：

   • 盖章在法律上通常被视为对合同内容的确认和接受，是合同成立或生效的一种形式要件。然而，这并不意味着只要双方盖章，合同的所有内容就都必然有效。

2. 争议部分的有效性判断：

   • 内容合法性：如果合同中的争议部分违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么即使双方盖章，该部分内容也是无效的。例如，合同中约定了非法交易或侵犯他人权益的内容。
   • 意思表示真实性：如果争议部分是由于一方欺诈、胁迫或乘人之危等手段使对方在违背真实意思的情况下盖章的，那么该部分内容也是可撤销的。受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该部分内容。
   • 合同整体性：合同是一个整体，各部分之间可能存在相互依赖和制约的关系。如果争议部分的内容与合同的其他部分存在冲突或矛盾，且这种冲突或矛盾无法通过解释或补充来消除，那么该部分内容的有效性也可能受到影响。

3. 实际案例与法律实践：

   • 在实际法律实践中，法院或仲裁机构在判断合同争议部分的有效性时，会综合考虑上述因素，以及合同的具体履行情况、双方当事人的交易习惯等。例如，如果双方在合同履行过程中已经对争议部分进行了实际履行或变更，且这种履行或变更得到了双方的认可，那么该部分内容的有效性可能会得到确认。

4. 建议与措施：

   • 审查合同内容：在签订合同前，双方应仔细审查合同内容，确保所有条款都符合法律规定和双方的真实意思表示。
   • 明确争议解决方式：在合同中明确约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够及时、有效地解决。
   • 保留证据：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据，如交易记录、沟通记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。

总结来说，合同有争议部分双方盖章并不直接决定其有效性。在判断争议部分的有效性时，需要综合考虑内容合法性、意思表示真实性、合同整体性等因素。如果你在合同纠纷中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。