两份合同盖章不同，其效力需具体分析，不能一概而论有效或无效。以下从不同角度为您详细阐述：

一、盖章不同但均体现真实意思表示

若两份合同上的盖章虽不同，但均体现了合同签订方的真实意思表示，且合同内容合法合规，不违背公序良俗，那么这两份合同通常都是有效的。例如，公司内部审批流程中，可能先用一个章进行流转审批，最终用另一个章正式签署合同，只要双方都知晓并认可这一过程，合同的效力就不会受到影响。

法律背景：根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着盖章与签名、按指印具有同等的效力，是合同成立的重要标志。同时，合同的有效还需要满足内容合法合规、不违背公序良俗等条件。

二、盖章不同引发主体或意思表示争议

若两份合同上的盖章不同，且引发了对合同签订主体或意思表示真实性的争议，情况则相对复杂。例如，一方可能伪造或私自加盖未经授权的章，此时合同就可能存在瑕疵。

1. 若能证明盖章均代表真实意思表示：

   • 若能证明两个章都代表合同签订方的真实意思表示，且双方知晓并认可盖章过程，那么根据法律规定，合同一般是有效的，其效力不受影响。

2. 若存在伪造或未经授权的盖章：

   • 若一方能证明另一方伪造或私自加盖未经授权的章，合同就存在瑕疵。此时需结合合同签订过程、双方履约情况综合判断。若盖章行为符合双方约定或交易习惯，合同仍可能被认定有效；反之，则可能被认定为无效或可撤销合同。

法律建议：在签订合同时，应确保使用的印章是依法刻制且有权使用的，避免使用伪造或未经授权的印章。同时，在合同签订过程中，应保留好相关证据，如审批流程、沟通记录等，以备不时之需。

三、盖章大小不同不影响效力

此外，还需要注意的是，合同上两个盖章大小不一样，一般不会影响合同的效力。合同是否有效，关键在于盖章是否体现了当事人的真实意思，以及该印章是否是当事人依法刻制且有权使用的。只要盖章能代表当事人的真实意愿，哪怕两个章大小不同，合同也可能是有效的。

示例说明：以企业为例，企业往往会有不同用途的印章，这些印章的大小可能有所差异。当在合同上加盖这些大小不同的印章时，只要能表明这是企业对合同内容的确认，那么这份合同通常是具有法律效力的。

四、可能面临的法律后果

若因盖章问题导致合同效力受到质疑，可能面临以下法律后果：

1. 合同无效：若合同存在恶意串通损害他人利益、违反法律强制性规定等情形，合同可能被认定无效。

2. 合同可撤销：若盖章行为是在受欺诈、胁迫等违背真实意愿的情况下作出的，合同可能被撤销。

3. 承担违约责任：若因盖章问题导致合同无法履行或履行不符合约定，违约方可能需要承担违约责任。

进一步思考：在签订合同时，除了关注盖章问题外，还应仔细审查合同内容，确保合同条款明确、合法合规。同时，在合同履行过程中，应严格按照合同约定履行义务，避免产生纠纷。若遇到因盖章问题导致的合同效力争议，应及时咨询专业律师，以便采取合适的法律措施维护自身权益。

综上所述，两份合同盖章不同，其效力需根据具体情况进行判断。若您在此方面遇到问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。