合同上两个章盖在一起，在符合法定和约定条件时，通常是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、盖章的法律效力

1. 公司公章的权威性：公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，具有代表公司的法律效力。在合同上加盖公章，即表明公司对该合同的认可和承担相应责任。
2. 多个印章的合法性：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，只要合同上的两个章都是真实有效的，且能够代表各自的权利主体，那么这两个章就都具有法律效力。

二、两个章的有效性条件

1. 印章的真实性：两个章都必须是真实有效的，不能是伪造或变造的。如果其中一个章是伪造的，那么整个合同的效力可能会受到影响，甚至可能导致合同无效。
2. 权利主体的认可：两个章必须分别代表各自的权利主体，并且这些权利主体都对合同内容表示认可。例如，一个章可能代表公司，另一个章可能代表公司的某个部门或分支机构，但前提是这些部门或分支机构有权签订合同并加盖印章。若未经授权擅自加盖印章，可能引发合同效力问题。
3. 不违反法律法规：合同的内容和盖章行为都不能违反法律法规的强制性规定。如果合同内容违法或盖章行为存在欺诈、胁迫等情形，那么合同的效力可能会被否定。

三、特殊情况下的有效性

1. 同一主体盖多个章：当合同一方为企业时，企业可能会选择同时加盖公章和合同专用章。由于公章和合同专用章均代表企业的正式意思表示，因此这种情况下两个章都是有效的，合同依然成立并生效。
2. 多方共同签署：如果合同涉及两个或更多的公司或个体，那么每个参与方都应在合同上盖章，以表示各方对合同内容的认可和同意。这是多主体合同签署的常规做法。
3. 骑缝章的使用：对于内容较多或页数较多的合同，为了防止合同被篡改，可以在合同的不同位置（如每页的边缘）盖上骑缝章。这样做既能确保合同的完整性，也能增加其法律效力。

四、注意事项

1. 合同约定特定章：如果合同中明确约定了只能加盖特定的某一个章（如只允许盖公章），那么随意加盖其他章就可能导致合同不符合约定的形式要求，进而影响合同的效力。
2. 遵守公司内部规定：盖章行为必须按照公司的内部管理规定进行。例如，某些公司可能要求合同必须经过特定部门或人员的审批后才能加盖印章。若违反这些规定，可能引发内部管理纠纷或影响合同效力。

总结与建议：合同上两个章盖在一起，在符合上述条件时通常是有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，建议在签署合同时仔细审查合同条款和盖章要求，并确认所有印章的真实性和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。