关于您提出的“老板不在店可以扣员工钱吗”这个问题，首先需要明确的是，老板是否在店，并不是决定能否扣员工钱的关键因素。能否扣钱主要取决于扣钱的原因是否合法合规。
老板不能随意扣钱的基本规定
在正常情况下，老板是不能随意扣员工工资的。按照劳动法的相关规定，工资应当以货币形式，每个月足额支付给劳动者本人。这是保障员工劳动所得的基本要求，也是劳动关系的基石之一。
合法扣钱的情形
当然，也存在一些合法扣钱的情况，主要包括以下两种：
员工自身过错导致用人单位有经济损失：如果员工因为自身过错（如疏忽大意、违反操作规程等）给用人单位造成了经济损失，那么用人单位可以按照劳动合同的约定，要求员工进行赔偿。但是，从工资里扣除的部分不能超过员工当月工资的20%，并且扣除后剩余的工资不能低于当地的月最低工资标准。
员工违反了公司依法制定且已公示的规章制度：如果员工违反了公司依法制定并且已经公示的规章制度（如旷工、迟到早退等），那么公司可以依据这些规定扣减相应的工资。但是，这种扣减也必须是合理且合法的，不能随意进行。
老板不在店与扣钱的关系
回到您的问题，老板是否在店，并不影响上述合法扣钱的情形。也就是说，即使老板不在店，如果员工存在上述合法扣钱的情形，公司仍然可以按照相关规定进行扣减。但是，如果老板没有正当理由就随意扣钱，那么这种行为就是不合法的。
员工的维权途径
如果员工发现老板没有正当理由就随意扣钱，那么员工有维护自身权益的办法。员工可以向当地的劳动监察部门投诉，也可以申请劳动仲裁。通过这些途径，员工可以要求老板足额支付工资，并且还可以主张相应的赔偿。
综上所述，老板是否在店并不是决定能否扣员工钱的关键因素。能否扣钱主要取决于扣钱的原因是否合法合规。如果员工发现老板随意扣钱，应当及时维护自己的合法权益。