针对您提出的“单位起诉要垫付农民工工资怎么办”的问题，这是一个涉及法律追偿和工程款结算的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答步骤和建议：
一、了解法律依据
首先，您需要了解相关的法律依据。根据《保障农民工工资支付条例》第三十条第二款、第三款的规定，分包单位拖欠农民工工资的，由施工总承包单位先行清偿，再依法进行追偿。这意味着，如果您的单位（作为总承包单位）已经垫付了农民工工资，您有权向分包单位进行追偿。
二、核实案件事实
在起诉之前，您需要核实以下关键事实：
垫付金额：明确您的单位到底垫付了多少农民工工资，并确保这一金额与证据（如支付凭证、银行转账记录等）相吻合。
农民工身份：确认您单位支付的农民工工资都是分包单位的农民工，而非您单位自己的员工。这通常需要分包单位提供农民工名单、工资支付明细表等证据，并最好有分包单位的盖章确认。
工程款结算情况：了解您单位与分包单位之间的工程款结算情况。如果尚未结算，需要评估垫付的农民工工资是否超出了应支付的工程款，以及超出的金额是多少。
三、梳理诉求
根据核实的事实，您可以梳理出以下可能的诉求：
直接起诉返还垫付金额：如果证据充分，且分包单位无合理抗辩理由，您可以直接起诉要求分包单位返还您单位垫付的农民工工资。但需注意，如果分包单位以结算未办理为由抗辩，或提起反诉要求支付工程款，法院可能会驳回您的诉请或等待反诉结束后再处理本诉。
起诉返还超付金额并要求结算：如果核实发现您单位超付了农民工工资，您可以起诉要求分包单位返还超付的金额，并同时要求对工程进行结算。这种诉求相对保险，且能将两件事情一起处理。
四、收集证据并制作证据清单
在起诉前，您需要收集以下证据：
原被告主体资格证明：如营业执照等。
劳务分包合同：证明被告是您的劳务分包单位，以及合同中关于农民工工资支付和工程款结算的约定。
人社局文件、农民工工资支付明细表、支付凭证等：证明您单位根据行政机关的要求，对分包单位拖欠的农民工工资进行了垫付。
其他补强证据：如工地上分包单位农民工的实名制打卡记录等，以补强农民工工资支付明细表的效力。
制作证据清单时，应包括证据名称、证据来源、原件/复印件、证明目的和页码等信息，以便法院审理时查阅。
五、拟写诉状并起诉
最后，您需要拟写诉状并提交给法院。诉状应包括原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实和理由以及证据和证据来源等内容。在拟写诉状时，务必确保诉讼请求明确、事实和理由充分、证据确凿。
综上所述，起诉追偿垫付的农民工工资是一个涉及法律追偿和工程款结算的复杂过程。建议您在起诉前充分了解法律依据、核实案件事实、梳理诉求、收集证据并制作证据清单，最后拟写诉状并提交给法院。如有必要，您可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。