公司垫付农民工工资后，想要讨回这笔款项，可以遵循以下途径：

1. 与农民工协商：

   • 首先，公司应与农民工进行友好协商，明确垫付工资的性质、金额以及还款计划。
   • 协商时，建议制定详细的还款协议，包括还款时间、方式、金额等，并确保双方签字确认。

2. 通过法律途径追讨：

   • 如果协商无果，公司可以依据相关证据（如垫付工资的凭证、还款协议等）向法院提起诉讼，要求农民工按照协议还款。
   • 在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明自己的主张，包括垫付工资的事实、金额以及农民工未履行还款义务的情况。

3. 寻求政府或相关部门的帮助：

   • 公司也可以向当地劳动监察部门或相关政府部门反映情况，寻求他们的帮助和支持。
   • 这些部门可能会介入调解，或者为公司提供法律咨询和援助，帮助公司更好地维护自己的合法权益。

4. 考虑其他合法手段：

   • 除了上述途径外，公司还可以考虑通过仲裁、调解等其他合法手段来追讨垫付的工资。
   • 这些手段通常具有灵活性、高效性等特点，可以根据具体情况选择适用。

在处理此类问题时，公司应确保所有行为均符合法律法规的要求，避免采取不当手段导致纠纷升级。同时，也要保留好相关证据，以便在需要时提供证明。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。