核心前提：公司已与员工签订协议解除劳动合同（协解合同），但后续发现员工在劳动关系存续期间存在违规行为。
核心结论：公司能否追究员工责任需结合违规行为性质、协解合同条款及法律规定综合判断，具体分以下情况处理：

1. 若协解合同未明确放弃追责权利

   • 违规行为性质：若员工行为违反公司规章制度、劳动合同约定或法律法规（如贪污、泄露商业秘密、严重失职等），公司仍可依据《劳动合同法》第三十九条或《民法典》相关规定，通过劳动仲裁或民事诉讼主张权利。
     
   • 追责方式：
     
     • 要求员工赔偿经济损失（需证明损失与违规行为的因果关系）；
       
     • 若涉及刑事犯罪（如职务侵占），可向公安机关报案；
       
     • 若协解合同中未约定“放弃追责”，公司追责不受合同解除影响。
       

2. 若协解合同已明确约定“双方互不追究”

   • 条款效力：需审查该条款是否合法有效。若条款未违反法律强制性规定（如未免除员工故意或重大过失责任），则可能对公司产生约束力，公司难以再主张权利。
     
   • 例外情形：若员工行为构成犯罪或严重违反公序良俗（如性骚扰、暴力行为），即使合同有约定，公司仍可能通过法律途径追责。
     

3. 若违规行为在协解合同签订后被发现，但发生于劳动关系存续期间

   • 时效问题：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若公司未超时效，仍可主张权利。
     
   • 证据固定：公司需及时收集证据（如监控录像、邮件、证人证言等），避免因证据灭失导致败诉。
     

建议行动步骤：

1. 审查协解合同条款，确认是否涉及追责约定；
   
2. 固定员工违规行为的证据（如书面记录、第三方证明）；
   
3. 评估损失金额及追责必要性；
   
4. 根据违规性质选择法律途径（劳动仲裁、民事诉讼或刑事报案）。
   

风险提示：若公司未在协解合同中明确保留追责权利，且违规行为不构成犯罪，可能面临败诉风险。建议未来在签订协解合同时，增加“保留对劳动关系存续期间违规行为追责的权利”等条款。

如有具体案件细节（如违规类型、合同条款），可进一步向我说明，我会提供针对性分析。