公司发现员工的劳动合同签成劳务协议，应当及时采取以下措施进行纠正和处理：

1. 评估影响与风险：

   • 法律性质差异：劳动合同与劳务协议在法律性质上有显著差异。劳动合同受《劳动合同法》调整，双方形成劳动关系，员工享有劳动法规定的各项权益；而劳务协议通常受《民法典》合同编调整，双方形成劳务关系，权益保障相对灵活但可能不如劳动关系全面。
   • 潜在风险：若公司实际按照劳动关系管理员工（如要求遵守公司规章制度、进行考勤管理等），但签订的是劳务协议，可能面临被认定为事实劳动关系的风险，从而需承担未签订劳动合同的双倍工资差额、补缴社会保险等法律责任。

2. 与员工协商变更：

   • 沟通协商：公司应首先与员工进行坦诚沟通，说明情况，并表达希望将劳务协议变更为劳动合同的意愿。
   • 签订补充协议：在双方达成一致的基础上，可以签订补充协议，明确将原劳务协议变更为劳动合同，并约定相关条款，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等。

3. 重新签订劳动合同：

   • 终止劳务协议：若协商不成或员工不同意变更，公司可以考虑在合法合规的前提下终止劳务协议。
   • 签订劳动合同：随后，公司应与员工重新签订劳动合同，确保合同内容符合《劳动合同法》的规定，并明确双方的权利和义务。

4. 完善内部管理：

   • 审查合同模板：公司应对现有的合同模板进行审查，确保劳动合同与劳务协议的区分清晰，避免类似情况再次发生。
   • 培训人力资源部门：加强对人力资源部门的培训，提高其对劳动合同与劳务协议区别的认识，确保在签订合同时能够准确选择合同类型。
   • 建立审核机制：建立合同审核机制，对签订的合同进行法律审核，确保合同的合法性和有效性。

5. 应对可能的法律纠纷：

   • 准备证据：若因合同类型问题引发法律纠纷，公司应准备相关证据，如员工的工作记录、考勤记录、工资支付记录等，以证明双方的实际关系。
   • 寻求法律支持：在处理法律纠纷时，公司可以寻求专业律师的支持，确保公司的权益得到充分保障。