在职期间签订的保密协议，是可以约定对公司的赔款条款的，但这并不意味着公司可以随意要求员工赔款，且员工在符合条件的情况下也有权获得补偿。以下从不同角度为您详细分析：
一、保密协议与赔款条款的合法性
保密协议的合法性：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。这意味着，签订保密协议本身是合法的，且是保护企业商业秘密的重要手段。
赔款条款的合法性：在保密协议中约定赔款条款，通常指的是当劳动者违反保密义务时，需要向用人单位支付一定数额的违约金或赔偿金。这种约定在法律上也是被允许的，但前提是赔款条款必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，赔款金额应当与劳动者因违约所造成的损失相当，不得过高或过低。
二、员工获得补偿的权利
补偿的法律依据：虽然保密协议与竞业限制并非完全等同的概念，但根据公平原则，用人单位在要求员工承担保密义务的同时，也应当给予员工相应的经济补偿。这种补偿可以是对员工因履行保密义务而可能遭受的利益损失的弥补，也可以是对员工积极履行保密责任的激励。
补偿的确定方式：补偿的具体数额、支付方式和时间等，应当由用人单位与劳动者在保密协议中协商确定。一般来说，补偿标准会综合考虑多种因素，如员工岗位涉及的商业秘密价值、员工因履行保密义务可能遭受的利益损失等。如果双方未在保密协议中明确约定补偿条款，一旦发生纠纷，法院或仲裁机构会根据具体案件情况，结合上述考量因素，合理判定用人单位是否应支付补偿费以及补偿费的具体数额。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：为了避免纠纷的发生，用人单位与劳动者在签订保密协议时，应当明确约定保密义务、违约责任以及补偿条款等内容。这样，在发生争议时，双方可以依据协议约定进行解决。
合理设定赔款金额：用人单位在设定赔款金额时，应当遵循合理、公平的原则，确保赔款金额与劳动者因违约所造成的损失相当。如果赔款金额过高，可能会被视为对劳动者的不公平对待，甚至可能被法院或仲裁机构调整。
及时支付补偿：如果保密协议中约定了用人单位应当向劳动者支付补偿费，那么用人单位应当按照约定及时支付。否则，劳动者有权依据协议约定向用人单位主张权利。
举例说明：假设某公司与其员工签订了一份保密协议，约定员工在在职期间不得泄露公司的商业秘密。同时，协议中还约定了如果员工违反保密义务，需要向公司支付一定数额的违约金。此外，协议中也明确了公司应当向员工支付保密补偿费。在这种情况下，如果员工违反了保密义务，公司有权要求员工支付违约金；同时，如果公司未按照协议约定支付保密补偿费，员工也有权向公司主张权利。
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