公司可以在保密协议中约定赔偿。保密协议中是否可以约定赔偿，取决于保密义务的性质及协议中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：
普通保密义务：
- 普通保密义务是劳动者基于劳动关系和职业操守所承担的，保护用人单位的商业秘密等信息不被泄露的责任。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密，但并未要求支付保密费或补偿作为条件。
- 因此，在普通保密协议中，通常不会直接约定赔偿，但劳动者仍需履行保密义务，这是其职责或合同的一部分。
竞业限制保密义务：
- 竞业限制是指用人单位与劳动者约定，在解除或终止劳动合同后一定期限内，劳动者不得从事与原单位有竞争关系的工作。
- 对于负有竞业限制保密义务的劳动者，用人单位需在竞业限制期限内按月给予经济补偿，这是法律的明确要求。
- 如果用人单位未按照约定支付经济补偿，劳动者有权催告要求支付，甚至在合理期限内仍不支付时，有权解除竞业限制协议。
保密协议中的赔偿条款：
- 在某些特殊情况下，保密协议中可以包含赔偿条款，用于对因违反保密义务而造成的损失进行赔偿。
- 赔偿条款的具体内容和标准应由双方协商确定，并应明确赔偿的方式、金额以及计算依据等。
- 如果保密协议中明确约定了赔偿条款，且劳动者违反了保密义务，用人单位有权依据协议要求劳动者承担赔偿责任。
综上所述，公司可以在保密协议中约定赔偿，但具体是否需要约定以及约定的内容和标准，应根据保密义务的性质、双方的协商以及实际情况来确定。如果您在签订或履行保密协议过程中遇到任何问题，欢迎随时向我咨询。