结论：公司因台风天国家强制放假而扣除员工全勤的做法，通常是不合法的。
分析如下：
一、台风天停工的法律性质
根据《广东省防汛防旱防风条例》等相关规定，当政府发布停工等强制措施时，这种行政指令具有不可抗力属性。这意味着，停工并非由企业或员工自主决定，而是由于自然灾害等不可抗力因素导致的。因此，企业不能将此停工期间视为员工缺勤或未提供劳动。
二、全勤奖励与停工的关系
全勤奖励通常是企业为了鼓励员工按时出勤而设置的一种激励机制。然而，在台风天等不可抗力因素导致的停工情况下，员工并未违反企业的出勤规定，而是由于外部因素无法到岗工作。因此，企业将此停工期间视为员工未全勤，并扣除全勤奖励，显然是不合理的。
三、企业的合法操作方式
不扣除全勤：企业应认识到台风天停工的不可抗力性质，不将此期间视为员工缺勤，因此不扣除全勤奖励。
协商补班或调休：如果企业因停工导致工作积压，可以与员工协商，在后续的工作日中安排补班或调休，以弥补停工期间的工作量。但这种安排必须得到员工的同意，不能单方面强制执行。
支付正常工资：根据《广东省工资支付条例》等相关规定，非劳动者原因停工的首个工资周期，企业应全额支付员工工资。这意味着，在台风天停工期间，企业仍需支付员工正常工资，而不能以任何理由克扣。
四、员工维权途径
如果企业违反上述规定，扣除员工全勤奖励或克扣工资，员工可以采取以下维权途径：
保存证据：立即保存企业通知、考勤记录等书面证据，以证明企业存在违法行为。
在线备案：通过“粤省事”等劳动保障专区在线备案，向相关部门反映企业违法行为。
投诉举报：携带劳动合同等证据向属地劳动监察大队投诉举报，要求企业纠正违法行为并支付应得的工资和奖励。
建议：作为劳动者，在遇到此类情况时，应首先了解自己的权益和法律规定，然后与企业进行友好协商。如果协商无果，可以及时采取维权途径，保护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。