因天气原因公司放假要扣除员工的休假，这一做法是否合理，需分情况讨论：
法定节假日或公休日情况
- 如果天气原因导致放假的这天正好是法定节假日（如春节、国庆等）或公休日（周六、周日），那么这本身就是正常的法定休假安排，与员工个人休假无关，公司自然无权扣除员工的休假。
工作日因恶劣天气放假
- 公司明确规定为福利性质放假：一些公司出于对员工安全的考虑，在暴雨、暴雪、台风等恶劣天气时决定放假，并明确表示这属于公司给予员工的福利，不占用员工的年假、调休等假期额度。在这种情况下，放假不算员工休假，公司扣除员工休假显然是不合理的。
- 未明确说明且规章制度无规定的情况：若公司没有特别说明放假的性质，且规章制度中也无相关规定，那么公司直接扣除员工休假可能缺乏依据。按照法律规定，公司安排调休或动用员工年假，一般需要提前与员工协商沟通，并获得员工同意。未经员工同意，公司单方面扣除休假可能构成违法行为。
- 规章制度有规定但未与员工协商：即使公司规章制度中有关于因天气原因放假处理方式的规定，但如果该规定未与员工进行协商，或者未明确告知员工，那么公司直接依据该规定扣除员工休假也可能存在问题。员工有权了解并同意公司对其休假的处理方式。
法律角度的解读与建议：
- 从法律层面来看，并没有明确规定因天气原因公司放假必须算作或不算作员工休假。关键在于公司的规章制度以及双方事先的约定。因此，员工在面对此类情况时，应首先查阅公司的相关规章制度或咨询人力资源部门，以了解具体的处理方式以及对自身权益的影响。
- 如果公司未经与员工协商，单方面扣除员工休假，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司恢复其休假权益。如果协商无果，员工还可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于公司的建议：
- 公司应制定明确的规章制度或劳动合同条款，以规范因天气原因导致的放假处理方式。这不仅可以避免引发不必要的纠纷，还可以体现公司对员工权益的尊重和保护。
- 在处理此类问题时，公司应注重与员工的沟通与协商，确保双方的权益得到妥善保障。通过充分的沟通和协商，可以增进双方的理解和信任，为公司的稳定发展创造良好的环境。
综上所述，因天气原因公司放假要扣除员工的休假是否合理，需根据公司规章制度、双方事先约定以及法律规定来综合判断。员工在面对此类情况时，应主动了解相关规定并维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。