结论前置：台风天强制休息，公司扣工资是否违法需分情况讨论，具体如下：
若公司因台风等不可抗力因素停工停产，且未安排员工工作的：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这意味着，在台风导致的停工停产初期，公司应全额支付员工工资，不得扣减。
- 若停工停产超过一个工资支付周期，且劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理，通常这也会涉及到一定的生活费支付，而非直接扣工资。
若公司虽因台风停工，但安排了员工在家办公或远程工作的：
- 在这种情况下，员工实际上仍在为公司提供劳动，公司应按照员工正常出勤的标准支付工资。若公司以台风为由扣减工资，则属于违法行为。
若公司未经合法程序，单方面决定扣减工资的：
- 无论何种原因，公司未经与员工协商一致或未经法定程序，单方面扣减工资都是违法的。员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能依据相关法律法规要求公司支付赔偿金。
法律背景与建议：
- 台风等自然灾害属于不可抗力因素，但公司不能因此随意扣减员工工资。公司应遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。
- 若员工遇到公司违法扣减工资的情况，应首先与公司进行沟通协商，要求公司补发工资。若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若公司违法扣减工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿，以及加付赔偿金等。
- 员工也有权依据《劳动合同法》等相关法律法规，要求公司承担违约责任或赔偿责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。