结论前置：
详细分析：
首先，从劳动合同的角度来看，合同中明确约定了“考核不合格扣工资”的条款，但这一条款的实施必须建立在有明确、合理的考核标准基础之上。如果公司从未给过考核标准，那么这一条款实际上是无法执行的，因为员工无法知道自己的工作表现是否达到了考核要求，也就无法判断自己是否应该被扣工资。在这种情况下，公司直接扣工资的行为，很可能构成了对劳动合同的违约。
其次，从劳动法的角度来看，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司因为考核不合格而扣工资，但考核标准又不明确，那么这种扣工资的行为就缺乏合法依据，可能违反了劳动法的规定。劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定支付劳动报酬，如果用人单位拒绝支付或者支付不足，劳动者可以通过劳动争议调解仲裁机构或者人民法院来维护自己的合法权益。
具体建议：
与公司沟通：员工可以先尝试与公司进行沟通，要求公司明确考核标准，并补发被扣的工资。如果公司拒绝或者无法给出合理的解释和补发方案，那么员工可以考虑采取进一步的法律措施。
收集证据：员工需要收集相关的证据，如劳动合同、工资条、考核记录（如果有的话）等，以证明公司扣工资的行为缺乏合法依据。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果与公司沟通无果，员工可以向当地的劳动争议调解仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司补发被扣的工资并支付相应的赔偿。如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
可能后果：
如果员工选择通过法律途径来维权，那么公司可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。同时，这种纠纷也可能对公司的声誉和员工关系产生负面影响。因此，建议公司在制定和执行考核制度时，要确保考核标准的明确性和合理性，以避免类似的纠纷发生。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。