当您遇到法院已经立案，但随后发现合同中存在仲裁条款的情况时，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您详细梳理的处理步骤和注意事项：
一、理解仲裁条款的法律效力
首先，要明确仲裁条款是当事人在合同中明确约定的，以仲裁方式解决双方可能发生的纠纷的条款。一旦这样的条款存在且有效，它就具有排除法院管辖权的法律效力。这意味着，在正常情况下，双方应当通过仲裁来解决争议，而不是向法院提起诉讼。
二、法院立案后的处理方式
裁定驳回起诉：
- 如果法院在立案后发现了有效的仲裁条款，通常会裁定驳回起诉。这是因为仲裁条款的存在意味着双方已经选择了仲裁作为解决纠纷的方式，法院应当尊重这一选择。
送达裁定书并告知仲裁：
- 法院在裁定驳回起诉后，会向当事人送达裁定书，并明确告知他们可以向约定的仲裁机构申请仲裁。
三、当事人的后续行动
接收并理解裁定书：
- 当事人收到法院的驳回起诉裁定书后，应仔细阅读并理解其中的内容，特别是关于仲裁的部分。
向仲裁机构提交申请：
- 根据仲裁条款的约定，当事人需要向对应的仲裁机构提交仲裁申请。仲裁机构会对申请进行审查，如果符合受理条件，就会正式受理该案件。
参与仲裁程序：
- 在仲裁期间，当事人需要按照仲裁庭的要求参与仲裁程序，包括提交证据、参加庭审等。仲裁庭会依据相关法律和仲裁规则进行审理，并最终作出裁决。
四、特殊情况的处理
仲裁条款无效或可撤销：
- 如果仲裁条款存在无效或可撤销的情形（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁条款等），法院则有权继续审理该案件。
放弃仲裁协议：
- 如果另一方当事人在首次开庭前未对法院受理该案提出异议，视为放弃仲裁协议，法院可以继续审理。
五、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 面对这种情况，建议当事人及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
保留相关证据：
- 当事人应保留好与仲裁条款相关的所有证据，以便在需要时进行证明。
遵循法律程序：
- 无论是向法院提起诉讼还是向仲裁机构申请仲裁，当事人都应严格遵循法律程序，确保自己的权益得到合法保护。
综上所述，当法院立案后发现有仲裁条款时，通常会裁定驳回起诉，并告知当事人向仲裁机构申请仲裁。当事人应理解并遵循这一处理方式，同时根据具体情况采取相应的后续行动。