劳动争议超过仲裁时效后，在法院是可以提出抗辩的，但具体抗辩效果需视诉的性质及是否存在正当理由而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、从诉的性质来看
确认之诉：
- 若劳动者的诉求是确认与用人单位存在某种法律关系（如劳动关系），这属于确认之诉。根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第一条，当事人可以对债权请求权提出诉讼时效抗辩，但确认之诉不适用于诉讼时效抗辩。因此，在这种情况下，用人单位提出的时效抗辩理由通常不能被法院采纳。
给付之诉或变更之诉：
- 若劳动者的诉求是要求用人单位支付工资、经济补偿等（给付之诉），或要求变更劳动合同内容等（变更之诉），这些诉求可能涉及债权请求权。此时，若超过仲裁时效，且对方当事人以超过时效进行抗辩，法院在查明无不可抗力或其他正当理由的情况下，可能会驳回劳动者的诉讼请求。
二、从是否存在正当理由来看
存在正当理由：
- 若劳动者因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由（如患重大疾病无法及时主张权利）导致未能及时申请仲裁，这些情形可能构成时效中止或中断。在这种情况下，即使超过仲裁时效，劳动者仍有可能在法院获得支持。
不存在正当理由：
- 若劳动者无正当理由超过仲裁时效，且对方当事人以此进行抗辩，法院在查明事实后，可能会驳回劳动者的诉讼请求。
三、法律建议
及时关注仲裁时效：
- 劳动者应密切关注仲裁时效，确保在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请仲裁，以避免因超过时效而丧失维权机会。
积极收集证据：
- 无论是否超过仲裁时效，劳动者都应积极收集与劳动争议相关的证据，如劳动合同、工资单、考勤记录等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。
考虑协商或调解：
- 若超过仲裁时效，劳动者仍可尝试与用人单位进行协商或调解，以达成一致解决方案。这有助于快速解决纠纷，减少诉讼成本。
及时咨询专业律师：
- 面对复杂的劳动争议问题，劳动者应及时咨询专业律师，以获取专业的法律建议和帮助。律师可以根据具体情况为劳动者制定合适的维权策略。
举例说明：假设劳动者因用人单位未支付加班费而提起劳动争议仲裁，但超过了一年仲裁时效。在诉讼中，若劳动者能证明存在不可抗力或其他正当理由导致未能及时申请仲裁，法院可能会支持其诉求；反之，若无法证明存在正当理由，且对方当事人以超过时效进行抗辩，法院可能会驳回其诉讼请求。
总之，劳动争议超过仲裁时效后，在法院提出抗辩的效果取决于诉的性质及是否存在正当理由。劳动者应密切关注仲裁时效，积极收集证据，并在必要时咨询专业律师以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。