在合同纠纷案件中，如果被告在开庭时不认可违约且对鉴定结果不进行质证，后期是否还能申请重新鉴定，这需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、重新鉴定的法律依据与条件
根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的相关精神，当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
- 鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格；
- 鉴定程序严重违法；
- 鉴定结论明显依据不足；
- 经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
如果被告在开庭时未对鉴定结果进行质证，但后续能提供充分证据证明鉴定存在上述情形之一，那么理论上是有可能申请重新鉴定的。不过，这通常需要在法庭规定的举证期限内提出，并经过法庭的审查和准许。
二、未质证的法律后果与重新鉴定的可能性
未质证的法律后果：
- 质证是法庭审理过程中的重要环节，当事人有权对对方提出的证据进行质证。如果被告未对鉴定结果进行质证，这可能会被视为其放弃了质证的权利。
- 然而，未质证并不意味着鉴定结果自动被采纳。法庭仍然会对鉴定结果的合法性、关联性和真实性进行审查。
重新鉴定的可能性：
- 如果被告在开庭后才发现鉴定存在问题，或者有新的证据表明鉴定结果不可靠，那么被告可以向法庭提出重新鉴定的申请。
- 但需要注意的是，重新鉴定的申请并不是无条件的。被告需要提供充分的证据来证明重新鉴定的必要性，并且这种申请通常需要在法庭规定的期限内提出。
三、实际操作中的建议
- 及时提出异议：如果被告对鉴定结果有异议，应当在开庭时或法庭规定的期限内及时提出，并说明理由。
- 准备充分证据：如果被告希望申请重新鉴定，需要准备充分的证据来证明鉴定存在问题，如鉴定机构或鉴定人员不具备资格、鉴定程序违法等。
- 遵循法庭程序：被告需要遵循法庭的程序规定，在规定的期限内提出重新鉴定的申请，并等待法庭的审查和决定。
结论与建议：
- 如果被告在开庭时未对鉴定结果进行质证，但后续能提供充分证据证明鉴定存在问题，那么是有可能申请重新鉴定的。但这种申请需要遵循法庭的程序规定，并在规定的期限内提出。
- 建议被告在发现鉴定存在问题时，及时与法庭沟通并准备充分的证据。同时，也可以考虑在开庭前或开庭时与对方协商解决鉴定问题，以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
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