结论：在鉴定阶段被告不参加，鉴定结论出具后，被告以鉴材未质证为由重新申请鉴定，法院是否允许需视具体情况而定，但通常不会轻易允许被告重新申请鉴定。

分析说明：

1. 鉴定程序的合法性与公正性：

   • 鉴定程序应当遵循法定程序，确保公正、公平、公开。在鉴定过程中，双方当事人都有权参与，并对鉴材进行质证。如果被告在鉴定阶段未参加，且未提出合理理由，这可能被视为其放弃了质证的权利。
   • 鉴定结论的出具应当基于充分、客观、科学的鉴材和鉴定方法。如果鉴定过程合法合规，且鉴定结论具有科学性和客观性，那么被告以鉴材未质证为由申请重新鉴定，法院可能会认为其理由不充分。

2. 被告申请重新鉴定的条件：

   • 根据相关法律规定，被告申请重新鉴定通常需要满足一定的条件，如鉴定程序违法、鉴定结论明显依据不足等。仅仅以鉴材未质证为由，并不足以构成重新鉴定的充分条件。
   • 被告需要提供充分的证据证明鉴材未质证对其权益产生了实质性影响，或者鉴定结论存在明显错误或不合理之处。

3. 法院的审查与判断：

   • 法院在审查被告的重新鉴定申请时，会综合考虑鉴定程序的合法性、鉴定结论的科学性、被告的申请理由及证据等因素。
   • 如果法院认为被告的申请理由不充分，或者鉴定过程合法合规、鉴定结论科学客观，那么法院可能会驳回被告的重新鉴定申请。

法律建议：

• 对于被告而言：如果确实对鉴定结论有异议，且认为鉴材未质证对其权益产生了实质性影响，应当在收到鉴定结论后及时提出异议，并尽可能提供充分的证据支持其申请重新鉴定的理由。同时，被告也可以考虑通过其他法律途径（如申请专家辅助人出庭、提出反证等）来维护自己的权益。
• 对于原告而言：如果被告提出重新鉴定申请，原告应当积极应对，提供相反证据或理由来反驳被告的申请。同时，原告也可以关注鉴定程序的合法性和鉴定结论的科学性，以确保自己的权益不受损害。

特殊情况说明：

• 如果鉴定过程中确实存在程序违法或鉴定结论明显依据不足等情形，那么被告申请重新鉴定可能会得到法院的支持。但这种情况需要被告提供充分的证据来证明。
• 另外，如果双方当事人在鉴定前已经对鉴材进行了确认或达成了一致意见，那么被告在鉴定结论出具后再以鉴材未质证为由申请重新鉴定，法院可能会认为其理由不成立。

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