结论：当合同中约定了仲裁条款，而担保协议未约定管辖时，担保纠纷的管辖通常应遵循合同中的仲裁条款约定，即通过仲裁方式解决。若担保协议明确排除了仲裁条款的适用，或者仲裁条款被认定无效，则担保纠纷的管辖将遵循民事诉讼法的相关规定。
详细分析：
仲裁条款的效力及适用范围：
- 仲裁条款作为合同中的一部分，具有相对独立性。即使合同中的其他条款无效或被撤销，仲裁条款在符合法定有效情形的情况下仍然有效。
- 如果合同中约定了仲裁条款，且担保协议（无论是单独订立还是从属于合同）未明确排除该仲裁条款的适用，那么担保纠纷通常应受该仲裁条款的约束。这意味着，当发生担保纠纷时，当事人应通过仲裁方式解决，而非直接向法院提起诉讼。
担保纠纷的管辖原则：
- 有仲裁协议时的管辖：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。因此，当合同或担保协议中存在有效的仲裁条款时，担保纠纷应通过仲裁方式解决，法院无管辖权。
- 无仲裁协议或仲裁协议无效时的管辖：如果合同和担保协议中均未约定仲裁条款，或者仲裁条款被认定无效，那么担保纠纷的管辖将遵循民事诉讼法的相关规定。通常，这由被告住所地或合同履行地的人民法院管辖。在这种情况下，当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼，以解决担保纠纷。
实际操作建议：
- 在签订合同时，应仔细审查仲裁条款的内容，确保其合法、有效且明确。如果希望担保纠纷也通过仲裁方式解决，应在担保协议中明确约定适用合同中的仲裁条款，或者单独订立仲裁协议。
- 如发生担保纠纷，应首先确认是否存在有效的仲裁条款。如果存在，应根据仲裁条款的约定选择合适的争议解决方式，即向仲裁机构申请仲裁。
- 如果对仲裁结果不满，可以在法定期限内向有管辖权的人民法院申请撤销仲裁裁决或不予执行仲裁裁决。但需要注意的是，这种申请的成功率相对较低，且需要满足一定的法定条件。
举例说明：
假设甲公司与乙公司签订了一份销售合同，并在合同中约定了仲裁条款。同时，甲公司要求丙公司作为担保人提供担保，并签订了担保协议。但担保协议中并未约定管辖方式。后来，因乙公司未履行合同义务，甲公司要求丙公司承担担保责任。此时，如果丙公司拒绝承担责任，甲公司应如何解决纠纷？
在这种情况下，由于销售合同中约定了仲裁条款，且担保协议未明确排除该仲裁条款的适用，因此甲公司应依据仲裁条款向仲裁机构申请仲裁，要求丙公司承担担保责任。仲裁机构将依法受理并作出裁决。如果丙公司对仲裁结果不满，可以在法定期限内向有管辖权的人民法院申请撤销仲裁裁决或不予执行仲裁裁决。
总结与建议：
在处理合同纠纷和担保协议纠纷时，应特别注意仲裁条款的约定。如果合同中约定了仲裁条款，而担保协议未约定管辖方式，那么担保纠纷通常应受合同中仲裁条款的约束。为了避免纠纷和降低风险，建议在签订合同时就明确约定争议解决方式，并在担保协议中作出相应规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。