针对员工未到午休时间提前回家发生交通事故后申请工伤认定，公司可依据以下理由进行反驳：
一、员工行为违反公司规章制度
未履行请假手续：
- 若公司规章制度明确规定，员工在工作时间因私事需要离岗的，必须履行相应的请假手续，而该员工未履行任何请假手续即擅自离岗，此行为明显违反了公司规定。
- 公司可据此主张，员工的行为属于擅自离岗，不符合工伤认定的条件。
违反工作时间规定：
- 午休时间属于公司规定的工作时间之外的时间段，员工在未到午休时间即提前回家，属于在工作时间内擅自离岗。
- 公司可依据此点，主张员工的行为不属于因工作原因受到的事故伤害，因此不应认定为工伤。
二、交通事故非因工作原因发生
非上下班途中：
- 工伤认定中的“上下班途中”通常指的是员工在合理时间内往返于工作地与住所地、经常居住地、单位宿舍的合理路线的上下班途中。
- 若员工提前回家并非为了上下班，而是出于个人原因，且该行为未经公司批准，则公司可主张该交通事故并非发生在上下班途中，因此不符合工伤认定的条件。
非工作原因导致：
- 工伤认定要求事故伤害必须是由工作原因导致的。若员工提前回家发生交通事故，且该事故并非由工作原因导致，而是由于员工个人疏忽或违反交通规则等原因造成，则公司可主张该事故伤害与工作无关，因此不应认定为工伤。
三、法律依据及反驳策略
引用相关法律法规：
- 公司可引用《工伤保险条例》中关于工伤认定的相关规定，特别是关于“在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的”以及“上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的”等条款，来阐述员工的情况不符合工伤认定的条件。
提供反驳证据：
- 公司应收集并整理相关证据，如员工考勤记录、请假记录、公司规章制度、交通事故责任认定书等，以证明员工的行为违反了公司规定，且该交通事故并非由工作原因导致。
在工伤认定程序中提出异议：
- 在收到工伤认定申请后，公司应在规定时间内向社会保险行政部门提出书面异议，并附上相关证据材料。在异议中，公司应明确阐述员工的情况不符合工伤认定的条件，并请求社会保险行政部门不予认定该事故为工伤。
建议：公司在处理此类问题时，应确保自身规章制度的合法性和合理性，并加强员工对规章制度的培训和宣传。同时，在发生类似事件时，公司应及时收集并整理相关证据，以便在工伤认定程序中提出有效的异议。如果有其他疑问，可以直接向我咨询。