公司申请不定时工作制后，安排员工休息是合法的，但必须确保员工的休息权得到充分保障。以下从不同角度为您详细分析：
一、不定时工作制的合法性基础
不定时工作制是合法的，它允许在工作总时间和工资水平保持不变的前提下，根据企业实际经营状况和员工工作需要，灵活调整工作时间。这种制度主要针对因生产特点、工作性质特殊需要连续上班或难以按时上下班，无法适用标准工作时间或需要机动作业的职工。
二、不定时工作制下员工休息权的保障
尽管不定时工作制在工作时间上具有灵活性，但员工的休息权利仍然受到法律的严格保护。具体来说：
- 核定工作量：用人单位应参照标准工时制核定工作量，确保员工的工作负担在合理范围内，避免过度劳累。
- 弹性工作时间：用人单位应采用弹性工作时间等适当方式，确保员工有足够的休息时间和休假机会。例如，可以安排集中休息、轮休调休等，以满足员工的休息需求。
- 加班费支付：如果员工在综合计算周期内的总实际工作时间超过了法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，用人单位应依法支付加班费。
三、公司安排员工休息的具体要求
- 审批手续：企业需实行不定时工作制的，应履行一定的审批手续。中央直属企业、企业化管理的事业单位实行不定时工作制，须经国务院行业主管部门审核，报国务院劳动行政部门批准。地方企业的审批办法，则由省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，并报国务院劳动行政部门备案。
- 听取职工意见：在保障职工身体健康的基础上，企业应充分听取职工意见，采取集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当的工作和休息方式，确保员工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
- 平均每周工作时间：需要实行不定时工作制的，职工平均每周工作时间不得超过44小时，这是对员工工作时间的一个基本限制，也是保障员工休息权的重要措施。
四、法律建议
- 核实审批情况：如果您所在的公司已经实行了不定时工作制，建议您首先核实公司是否已经履行了相关的审批手续。如果没有履行审批手续，那么公司实行的不定时工作制可能是不合法的。
- 关注休息安排：其次，您应关注公司是否采取了适当的措施来保障您的休息权。如果公司没有安排足够的休息时间或者没有支付应得的加班费，那么您可以向公司提出异议或者向劳动行政部门投诉。
- 保留证据：在维护自己的休息权时，建议您保留好相关的证据，如工作记录、加班记录、工资单等。这些证据将有助于您在需要时证明自己的权益受到了侵害。
不定时工作制本身并不违法，但公司必须确保在实行这种制度时，充分保障员工的休息权。如果您对公司的休息安排有任何疑问或者不满，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议。