建设工程施工合同无效时，已经确认的罚款通常也无效。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、合同无效的法律后果
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦建设工程施工合同被确认无效，合同中的所有条款，包括罚款条款，都将失去法律效力。因为合同无效是基于合同存在违法或其他导致无效的情形，合同整体都不符合法律规定的有效要件，其中的罚款条款自然不能单独生效。
二、罚款条款的独立性分析
一般情况：在大多数情况下，罚款条款是合同的一部分，依赖于合同的有效存在。因此，当合同无效时，罚款条款也会随之失效。
特殊情况：如果罚款条款属于独立于合同的解决争议的约定，比如约定在合同无效后一方需向另一方支付一定款项以解决纠纷，这种情况下该约定可能会被认定为有效。这是因为它并非基于合同的主给付义务等产生，而是专门针对合同无效后的善后处理。然而，这种情况在实务中较为罕见，且需要具体的合同条款和事实情况来支持。
三、实务操作中的建议
合同审查：在签订建设工程施工合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、有效。避免签订存在违法或其他导致无效情形的合同，以减少后续纠纷的风险。
争议解决：如果合同无效且存在罚款条款的争议，双方应首先尝试通过协商解决。如果协商无果，可以寻求法律途径解决，如向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
证据保留：在合同履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如合同文本、履行记录、沟通记录等。这些证据在后续争议解决中可能起到关键作用。
四、法律后果与责任承担
当建设工程施工合同无效时，除了罚款条款失效外，还可能涉及其他法律后果和责任承担问题。例如，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
总结与建议：
建设工程施工合同无效时，已经确认的罚款通常也无效。为了避免此类纠纷的发生，双方在签订合同时应确保合同内容合法、有效，并在合同履行过程中妥善保留相关证据。如果发生争议，应首先尝试通过协商解决，协商无果的可以寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。