法院在追加之诉中否认股东的股东资格不予追加，这一行为是否合法，需结合具体情况与相关法律规定进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 股东资格的认定标准

股东资格的认定，通常依据公司章程、股东名册、工商登记等文件。若法院在追加之诉中否认股东资格，首先需审查这些文件是否明确记载了该股东的身份。若文件记载清晰，且无相反证据推翻，则法院否认股东资格的行为可能缺乏依据。然而，若存在如股权代持、隐名投资等特殊情况，股东资格的认定可能更为复杂，需结合实际出资、股东会决议、其他股东认可等因素综合判断。

法律建议：若您认为法院否认股东资格的行为不当，可收集相关证据，如出资证明、股东会决议、其他股东认可文件等，以证明您的股东身份。

2. 追加之诉的法律依据与程序

追加之诉通常涉及诉讼主体的增加，需符合《民事诉讼法》等相关法律的规定。在追加之诉中，法院需审查追加的必要性、合理性以及是否符合法定程序。若法院认为追加的股东与案件无直接利害关系，或追加行为可能损害其他当事人的合法权益，则可能否认股东资格并拒绝追加。

法律建议：在提起追加之诉前，应确保追加的股东与案件有直接利害关系，且追加行为符合法定程序。若法院拒绝追加，可审查拒绝理由是否充分，并考虑是否通过上诉等途径维护权益。

3. 法院自由裁量权的行使

法院在审理案件时，享有一定的自由裁量权。在追加之诉中，法院可能根据案件的具体情况，如证据的充分性、当事人的陈述等，对股东资格进行认定。若法院认为现有证据不足以证明股东身份，或当事人的陈述存在矛盾，则可能行使自由裁量权，否认股东资格并拒绝追加。

法律建议：尊重法院的自由裁量权，但若认为法院行使自由裁量权不当，可收集更多证据，如证人证言、鉴定意见等，以支持您的主张。同时，可考虑通过法律途径，如申请再审等，寻求救济。

4. 可能的法律后果

若法院在追加之诉中否认股东资格不予追加，可能导致您无法作为诉讼主体参与案件，进而影响您的权益。例如，若您作为股东本应享有分红权、表决权等，但因被否认股东资格而无法行使，则可能遭受经济损失。

法律建议：若因法院否认股东资格而遭受损失，可考虑通过其他法律途径，如提起侵权之诉等，寻求赔偿。同时，应密切关注案件进展，及时采取法律措施维护权益。

总结：法院在追加之诉中否认股东的股东资格不予追加是否合法，需结合股东资格的认定标准、追加之诉的法律依据与程序、法院自由裁量权的行使以及可能的法律后果等因素进行综合判断。若您认为法院的行为不当，可收集相关证据，通过法律途径维护权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。