针对您提出的“单位由于停工放假，用员工的年休来补是否合理”的问题，我们可以从法律和实际操作两个层面进行详细分析。

首先，从法律角度来看，单位在停工放假期间强制要求员工使用年休假来抵扣，可能面临法律风险。根据《企业职工带薪年休假条例》第九条，企业在安排员工年休假时，应考虑职工本人意愿，遵循协商原则。而停工放假，尤其是因不可抗力（如自然灾害）导致的停工，属于被动休息，与劳动者自主安排假期的立法本意相悖。因此，单位单方面要求员工用年休假来抵扣停工时间，可能被视为变相克扣福利，面临工资差额补缴及赔偿金的风险。

其次，从实际操作层面来看，单位在停工放假期间应优先考虑与员工进行协商。如果停工导致工作积压，单位可以与员工沟通，看是否能够通过调整工作计划、加班等方式来弥补，而不是直接强制要求员工使用年休假。此外，单位也可以考虑建立应急预案，将停工放假纳入不可抗力条款，以更合理地处理类似情况。

再者，我们还需要注意到，如果单位因停工放假而要求员工周末补班，这同样可能存在违法嫌疑。根据相关法律法规，非劳动者原因停工的首个工资周期应全额支付报酬，这意味着企业已获得了一定的风险对冲机制。如果再要求员工补班，既可能违反停工令的强制性，又可能构成变相加班，侵犯员工的休息权。

综上所述，单位在停工放假期间强制要求员工使用年休假来抵扣，并不合理且可能面临法律风险。单位应优先考虑与员工进行协商，寻找更合理的解决方案。同时，员工在遭遇此类侵权时，也应积极维护自己的合法权益，如保存相关证据、通过合法途径投诉等。

最后，我想强调的是，在自然灾害等不可抗力因素影响下，单位和员工都应相互理解、共克时艰。单位应尊重员工的休息权，员工也应理解单位的实际困难。通过协商和沟通，共同构建一个尊重法律、互谅互让的劳动关系生态。