假期休息扣三天工资，在大多数情况下是不合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与合法性分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定理由，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：也强调用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步保护了劳动者的工资权益。
假期类型与工资支付：
- 法定节假日、年休假、婚假、丧假、探亲假、病假等带薪假期：根据《劳动法》第五十一条，这些假期内，用人单位应正常支付工资，不得克扣。例如，如果您休年休假，公司应全额支付您休假期间的工资。
- 事假：虽然法律未对事假工资扣除作出统一规定，但原则上是按实际未提供劳动的天数扣除工资，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果公司因您请一天事假而扣除三天工资，导致当月剩余工资低于最低工资标准，这种做法即属违法。
二、不合法情况举例
- 假设您请了1天事假，但单位却扣了3天工资，且扣除后的工资低于当地月最低工资标准，这种做法就违反了法律规定。
- 同样，如果您在法定节假日休息，但单位却扣除了您的工资，这也是违法的。因为根据《劳动法》第五十一条，法定节假日是劳动者应有的休息时间，且在此期间，用人单位应照常支付工资。
三、劳动者维权途径
面对“假期休息扣三天工资”的不合法做法，您可以采取以下措施维护自身权益：
- 与单位协商：首先尝试与单位沟通，要求按照法律规定支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，请求协助解决。
- 申请劳动仲裁：问题仍未解决时，可向当地劳动仲裁机构申请仲裁。仲裁生效后，单位若拒绝执行，您可申请法院强制执行。
四、特殊情况说明
- 如果您请的是事假，且公司规章制度中明确规定了事假期间的工资扣除方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，同时规章制度制定程序合法、内容合理并已向您公示，那么公司按照规章制度扣除工资可能是合法的。但扣除的工资数额必须合理，且不得导致您的当月工资低于最低工资标准。
- 如果您请的是病假，且能提供医院等相关机构出具的证明，公司应按照法律规定支付病假工资，一般不得低于当地最低工资标准的一定比例。在此情况下，若公司扣发工资至低于此标准则不合法。
总结：假期休息扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。您应了解自己的权利，并在遭遇此类情况时，积极采取合法途径维护自身权益。同时，用人单位也应严格遵守法律法规，确保工资支付的合法性与合理性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。